结论前置：若单位施工碾压导致损失而赔偿不足，可通过协商、行政投诉、民事诉讼等途径解决，具体需结合损失类型、证据充分性及责任认定情况。以下从法律程序和实务操作角度展开分析：

一、明确责任主体与赔偿范围

1. 责任主体认定
   根据《民法典》第1165条，施工方因过错侵害他人民事权益的，应承担侵权责任。需确认碾压行为是否由单位直接实施（如自有设备操作），或由分包方、第三方实施（如租赁设备）。若单位将工程分包给无资质主体，可能承担连带责任（《民法典》第1193条）。

2. 赔偿范围界定
   赔偿应包括直接损失（如财产修复费用、医疗费）和间接损失（如误工费、经营损失）。若赔偿不足，需核查单位是否遗漏赔偿项目（如未计算后续治疗费、残疾辅助器具费），或故意压低赔偿标准（如按最低工资标准计算误工费）。

二、协商与行政投诉路径

1. 协商补足赔偿
   可要求单位出具书面赔偿清单，逐项核对损失金额。若单位以“内部规定”为由拒绝足额赔偿，可引用《民法典》第1184条“侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算”进行反驳。协商时建议录音或留存书面沟通记录。

2. 行政投诉
   若施工行为违反《安全生产法》或《建设工程安全生产管理条例》（如未设置警示标志、未采取防护措施），可向当地应急管理局或住建部门投诉，要求对单位行政处罚并督促赔偿。行政投诉需提供现场照片、视频、证人联系方式等证据。

三、民事诉讼程序

1. 起诉条件
   需满足：

   • 被告明确（单位全称、统一社会信用代码）；
     
   • 诉讼请求具体（如要求赔偿财产损失XX元、医疗费XX元）；
     
   • 证据充分（损失评估报告、医疗记录、收入证明等）。
     若损失涉及专业鉴定（如车辆贬值损失、农作物减产损失），需在举证期限内申请法院委托鉴定。

2. 诉讼策略

   • 证据固定：及时对现场进行公证保全，避免单位修复后证据灭失；
     
   • 责任竞合：若同时构成违约（如施工合同约定安全义务）和侵权，可选择对己有利的案由起诉；
     
   • 执行保障：起诉前可申请财产保全，冻结单位银行账户或等值财产，防止判决后执行难。

四、特殊情形处理

1. 单位拒不执行判决
   若法院判决后单位仍不赔偿，可申请强制执行（《民事诉讼法》第243条）。法院可采取查封、扣押、拍卖财产等措施，并将单位纳入失信被执行人名单，限制其高消费及招投标资格。

2. 单位破产或注销
   若单位进入破产程序，需在破产债权申报期内向管理人申报债权；若单位恶意注销，可追究股东或实际控制人的清偿责任（《公司法》第20条“法人人格否认”制度）。

实务建议：处理此类纠纷时，优先通过书面形式固定证据（如发送《赔偿异议函》并要求签收），避免口头协商导致举证困难。若损失金额较大或责任认定复杂，建议委托专业律师介入，通过诉前调解、专家辅助人出庭等方式提高维权效率。如有具体案件细节，可进一步向我提供材料以便针对性分析。