在合伙协议与公司章程的法律效力问题上，需根据具体情况进行判断，但总体上，后制定的文件在相同条款上具有优先效力。以下是对此问题的详细分析：
一、制定时间与效力优先
制定时间顺序：
- 合伙协议（或股东合作协议）通常在合伙或公司设立前由合伙人或股东签订，是设立合伙或公司的先合同协议。
- 公司章程则是在公司准备注册时，由全体股东共同制定并提交给工商行政管理部门的文件，是后合同协议。
效力优先原则：
- 当合伙协议与公司章程对同一事项有不同约定时，后制定的文件（即公司章程）在相同条款上具有优先效力。这是因为公司章程是公司设立后对外公示的文件，具有更强的法律约束力和公示效力。
二、条款约定差异与处理
相同条款冲突：
- 若合伙协议与公司章程对同一权利义务进行了不同约定，应以公司章程的约定为准。这是因为公司章程是公司设立后的基本法律文件，对全体股东具有约束力。
不同条款约定：
- 若合伙协议有约定而公司章程无约定，或反之，则应以有约定的文件为准。例如，在利润分配方面，若合伙协议有明确约定而公司章程未提及，则应按照合伙协议的约定执行。
三、特别注意事项
后加入股东的约束：
- 后加入的股东不受初始合伙协议的约束，但受公司章程的约束。这是因为公司章程是公司设立后的基本法律文件，对所有股东（包括后加入的股东）具有约束力。
法律条款依据：
- 根据《民法典》第五百零二条，依法成立的合同自成立时生效，除非法律另有规定或者当事人另有约定。这为公司章程和合伙协议的效力提供了法律基础。
- 同时，根据《公司法》的相关规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力，进一步强调了公司章程的法律效力。
四、法律建议
明确约定：
- 在制定合伙协议和公司章程时，应明确约定各事项的权利义务，避免出现模糊或冲突的情况。
及时修订：
- 随着公司的发展和变化，应及时修订合伙协议和公司章程，以确保其适应公司的实际情况和法律要求。
法律咨询：
- 在制定和修订合伙协议、公司章程时，建议咨询专业律师，以确保文件的合法性和有效性。
若您在合伙协议或公司章程方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。