当公司章程与公司法规定不一致时，应以公司法为准。以下是对此问题的详细分析：
一、公司法的法律地位与效力层级
法律优先原则：根据《中华人民共和国立法法》的相关规定，法律的效力高于行政法规、地方性法规及规章。公司法作为全国人民代表大会或其常务委员会制定的法律，其效力层级显著高于公司章程这一由股东共同制定的内部文件。这意味着，在两者发生冲突时，公司法具有更高的法律效力。
强制性规范属性：公司法包含大量强制性规范，这些条款旨在维护交易安全、保护债权人利益及社会公共利益。例如，关于公司资本制度、治理结构等核心事项的规定，若公司章程与之抵触，则必然无效。这是因为这些强制性规范是公司运营的基础，必须得到严格遵守。
二、公司章程的性质与法律边界
自治性文件本质：公司章程是股东基于意思自治原则制定的内部规则，主要规范公司内部管理事务。其效力范围仅限于公司及股东之间，不得对抗外部善意第三人。这意味着，公司章程虽然具有一定的自治性，但其自治性必须在法律允许的范围内行使。
合法性审查机制：司法实践中，法院会通过“合法性审查”程序判定公司章程条款的效力。若公司章程内容违反法律、行政法规的强制性规定，或违背公序良俗原则，将被认定为无效条款。这进一步强调了公司法在公司章程制定和执行中的主导地位。
三、冲突解决的具体规则
直接冲突处理：当公司章程条款与公司法具体条文存在直接矛盾时（如公司章程降低法定注册资本限额），应优先适用公司法规定。这是因为公司法作为上位法，其规定具有更高的法律效力，必须得到优先遵守。
任意性规范补充：对于公司法中的任意性规范（如利润分配方案），公司章程可以作出特别约定。但若该约定损害债权人利益或违反公平原则，仍可能被司法审查否定。这表明，即使在公司法允许的范围内，公司章程的自治性也受到一定的限制。
特殊情形例外：在中外合资经营企业等特殊领域，若法律授权公司章程对特定事项作变通规定（如董事会职权配置），且该变通不违反法律基本原则，则可优先适用公司章程约定。然而，这种情况属于例外，并不改变公司法在公司运营中的主导地位。
四、实际案例与法律后果
在实际操作中，如果公司章程与公司法规定不一致，且这种不一致导致了法律纠纷或损害了第三方利益，那么法院在审理案件时，会依据公司法的规定进行裁决。公司可能因此面临法律责任，包括但不限于罚款、赔偿损失等。因此，公司在制定和执行公司章程时，必须确保其内容与公司法保持一致，以避免不必要的法律风险。
总结与建议：
公司章程作为公司内部的自治规则，其制定和执行必须遵循公司法的规定。当两者发生冲突时，应以公司法为准。为了确保公司章程的合法性和有效性，建议公司在制定和修改公司章程时，充分咨询专业律师的意见，确保章程内容符合公司法的规定。如果公司章程与公司法存在不一致之处，应及时进行修改和完善，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。