补偿协议签订后行政机关才进行委托评估，这一做法通常是不合理的。下面我将从法律程序、公平原则以及实际操作三个角度进行详细分析：

法律程序角度

在征地拆迁过程中，评估是确定补偿金额的重要环节。根据相关法律法规，评估应当在签订补偿协议之前进行，以确保补偿金额的公正性和合理性。如果行政机关在签订补偿协议后才进行委托评估，这可能违反了法定的程序要求，导致补偿协议的效力受到质疑。因为评估结果可能会影响补偿金额，若先签订协议再评估，则无法保证补偿金额是基于准确、公正的评估结果得出的。

公平原则角度

从公平原则出发，被征收人有权在签订补偿协议前了解其财产的真实价值。如果行政机关在签订协议后才进行评估，被征收人可能无法充分了解其应得的补偿金额，从而损害了其合法权益。评估的目的是为了确定一个公平、合理的补偿标准，如果评估过程滞后于协议签订，那么这一目的就无法实现，可能导致被征收人获得不公平的补偿。

实际操作角度

在实际操作中，如果行政机关在签订补偿协议后才进行委托评估，可能会引发一系列问题。例如，如果评估结果低于协议中约定的补偿金额，行政机关可能会以评估结果为依据要求降低补偿金额，这将导致被征收人面临不必要的法律纠纷和经济损失。反之，如果评估结果高于协议中约定的补偿金额，被征收人虽然可能获得更高的补偿，但这也可能引发行政机关对评估结果的质疑，进而影响补偿协议的履行。

建议与措施：

1. 要求重新评估：如果发现行政机关在签订补偿协议后才进行委托评估，被征收人有权要求重新进行评估，以确保补偿金额的公正性和合理性。

2. 寻求法律援助：如果与行政机关就补偿问题产生争议，被征收人可以寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 保留相关证据：在整个征地拆迁过程中，被征收人应保留好与评估、补偿相关的所有证据，以便在需要时提供证明。

综上所述，补偿协议签订后行政机关才进行委托评估的做法是不合理的。为了确保征地拆迁过程的公正性和合法性，行政机关应在签订补偿协议前完成评估工作。如果遇到此类问题，建议被征收人及时寻求法律援助，维护自己的合法权益。