针对您提出的“电动车合格证上是12a但发的是20a是否违法”的问题，这确实涉及到了电动自行车生产和销售过程中的合规性问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，电动自行车的生产和销售必须严格遵守国家相关的强制性标准。这些标准包括但不限于GB17761-2024《电动自行车安全技术规范》、GB 42295—2022《电动自行车电气安全要求》等，它们对电动自行车的各项性能指标，如蓄电池标称电压、电动机额定连续输出功率、整车质量等，都有明确的规定。

在您提到的情况中，电动车合格证上标注的是12a（这里我假设您指的是蓄电池的容量或某种性能指标，实际应为如12Ah这样的标注，表示蓄电池的容量），但实际发放的是20a（同样假设为20Ah）。这种差异很可能意味着实际产品与合格证上的标注不符，这违反了国家强制性标准中关于产品信息一致性的要求。

从市场监督部门查办销售不合格电动自行车案件的法律依据来看，《产品质量法》第十三条第一款明确规定，可能危及人体健康和人身、财产安全的工业产品，必须符合保障人体健康和人身、财产安全的国家标准、行业标准。销售不符合这些标准的产品，属于典型的销售不符合强制性标准的产品的行为，将受到法律的处罚。

具体到您的情况，如果经销商发放的电动车蓄电池容量与合格证上的标注不符，且这种不符违反了国家强制性标准，那么经销商的行为就构成了违法。市场监督部门有权依据《产品质量法》的相关规定，对经销商进行处罚，包括责令停止销售不合格产品、没收违法产品以及罚款等。

因此，我建议您在遇到此类情况时，及时与经销商沟通，要求其提供符合合格证标注的产品。如果经销商拒绝或无法提供，您可以向当地的市场监督部门进行举报，以维护自己的合法权益。同时，也提醒广大消费者在购买电动自行车时，务必仔细核对产品合格证与实际产品的一致性，确保购买到符合国家标准的合格产品。