在没有土地所有权但拥有宅基地使用权的情况下，使用宅基地是合法的，但前提是必须确保宅基地使用权的取得是合法且符合规定的。以下是对此问题的详细分析：
一、宅基地使用权与土地所有权的关系
宅基地使用权是农村村民依法对集体所有的土地享有的占有和使用的权利，它并不等同于土地所有权。土地所有权归集体所有，而村民拥有的是在该土地上建造住宅及其附属设施的使用权。因此，即使没有土地所有权，只要拥有合法的宅基地使用权，就可以在该土地上合法建造住宅。
二、合法使用宅基地的情况分析
历史遗留问题导致的无土地所有权证但有宅基地使用权证的情况：
- 在一些农村地区，由于历史原因或管理不规范，部分农民可能没有土地所有权证，但拥有宅基地使用权证。对于这类情况，如果农民能够证明其宅基地使用权的取得是合法的（如通过继承、分家析产、合法审批等方式），并且符合当地的土地利用规划和相关政策要求，那么他们仍然可以合法使用该宅基地。
新建房屋已办理宅基地使用权证的情况：
- 对于新建房屋且已办理宅基地使用权证的农民，他们当然可以合法使用该宅基地。这是最直接也最明确的情况，因为宅基地使用权证就是他们合法使用土地的凭证。
非法占用土地的情况需排除：
- 如果农民未经批准擅自占用土地建造住宅或其他设施，且无法提供合法的宅基地使用权证或其他相关证明文件，那么他们的行为将构成非法占用土地。在这种情况下，农民不仅无法合法使用该土地，还可能面临被拆除建筑物、罚款甚至承担刑事责任的风险。因此，这种情况不在合法使用宅基地的范畴内。
三、合法使用宅基地的建议与措施
确保宅基地使用权的合法性：
- 农民应确保自己的宅基地使用权是通过合法途径取得的，如通过继承、分家析产、合法审批等方式。同时，要保留好相关证明文件，以备不时之需。
了解并遵守相关法律法规和政策：
- 农民应加强对相关法律法规和政策的学习，了解自己的权利和义务。在建造住宅或其他设施时，务必确保自己的行为符合法律法规和政策要求，避免因违法而面临法律风险。
及时咨询并寻求法律帮助：
- 如果农民在使用宅基地过程中遇到任何问题或疑问，应及时向我咨询以获取准确的法律意见和指导。作为专业律师，我将根据具体情况为农民提供针对性的法律建议和解决方案。
总结来看，没有土地所有权但拥有合法的宅基地使用权时，使用宅基地是合法的。但农民必须确保宅基地使用权的取得是合法且符合规定的，并了解并遵守相关法律法规和政策。如有任何疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。