核心前提：农村无证房屋转让协议引发争议，一方不承认协议效力。

结论前置：针对农村无证房屋转让协议不承认的情况，可从以下角度分析和处理：

1. 协议效力认定
   根据《民法典》及相关司法解释，农村无证房屋转让协议的效力需结合以下因素判断：
   
   • 房屋性质：若房屋属于违法建筑（如未取得乡村建设规划许可证），则协议可能因违反法律强制性规定而被认定无效；
     
   • 合同内容：若协议仅涉及房屋使用权转让（如租赁），且未违反法律禁止性规定，则可能部分有效；
     
   • 地方政策：部分地区对农村房屋流转有特殊规定（如“小产权房”政策），需结合当地政策综合判断。
     

建议：若协议被认定无效，可依据《民法典》第157条主张返还财产或赔偿损失；若协议有效，则可通过诉讼要求履行或承担违约责任。

1. 证据收集与固定
   若对方不承认协议，需重点收集以下证据：
   
   • 书面协议：即使未办理产权登记，书面协议仍可作为证明双方合意的直接证据；
     
   • 付款凭证：转账记录、收据等可证明实际履行情况；
     
   • 证人证言：邻居、村干部等知情人的证言可辅助证明交易事实；
     
   • 其他证据：如录音、聊天记录等，需确保合法性。
     

注意：证据需形成完整链条，避免单一证据不足导致败诉。

1. 救济途径
   
   • 协商解决：通过村委会或第三方调解，争取达成补充协议；
     
   • 行政投诉：若房屋因违法建设被查处，可向自然资源部门反映情况；
     
   • 民事诉讼：向法院起诉确认协议效力或要求赔偿，需注意诉讼时效（一般为3年）。
     

风险提示：若房屋涉及集体土地使用权，需确保受让方符合“一户一宅”等条件，否则可能面临协议无效风险。

1. 预防措施
   为避免类似纠纷，建议：
   
   • 办理乡村建设规划许可证等合法手续；
     
   • 签订书面协议并明确违约责任；
     
   • 及时办理产权变更登记（如允许）。
     

总结：农村无证房屋转让协议的效力需结合房屋性质、合同内容及地方政策综合判断。若对方不承认协议，可通过收集证据、协商或诉讼维护权益。具体方案需根据个案细节制定，如有疑问可直接向我咨询。