以协议无效为由撤销行政登记，主要涉及的法律条款包括《中华人民共和国民法典》中关于民事法律行为效力的规定，以及《中华人民共和国行政许可法》中关于行政许可撤销的相关规定。以下从不同角度为您详细分析：

一、民事法律行为无效的法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》相关规定：
   • 根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定及不违背公序良俗。若协议存在违反这些条件的情况，如一方以欺诈、胁迫手段订立，损害国家利益，或恶意串通损害国家、集体或第三人利益等，则该协议可能被认定为无效。
   • 具体条款如《民法典》第一百四十四条（无民事行为能力人实施的民事法律行为无效）、第一百四十六条（行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效）、第一百五十三条（违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外；违背公序良俗的民事法律行为无效）、第一百五十四条（行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效）等，均提供了协议无效的法律依据。

二、行政登记撤销的法律依据

1. 《中华人民共和国行政许可法》相关规定：
   • 根据《行政许可法》第六十九条，若行政许可的取得是基于欺骗、贿赂等不正当手段，或者行政许可所依据的法律、法规、规章修改或废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化，行政机关可以依法撤销该行政许可。
   • 在协议无效导致行政登记基础丧失的情况下，若该行政登记是基于无效协议作出的，行政机关在查明事实后，有权依法撤销该行政登记。

三、实际操作与建议

• 收集证据：首先，需要收集充分证据证明协议存在无效情形，如欺诈、胁迫、恶意串通等证据。
• 申请撤销：向作出行政登记的行政机关提出撤销申请，并附上相关证据材料。
• 法律途径：若行政机关拒绝撤销或未在法定期限内作出决定，可以依法向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销该行政登记。

四、可能的法律后果

• 行政登记被撤销：若法院或行政机关认定协议无效，并据此撤销行政登记，则原行政登记的法律效力将自始不存在。
• 赔偿责任：若因协议无效导致他人损失，相关责任方可能需要承担赔偿责任。

示例说明：假设甲乙双方签订了一份房屋买卖协议，并据此办理了房屋过户登记。后发现该协议系甲以欺诈手段订立，乙因此向法院提起诉讼，请求确认协议无效并撤销房屋过户登记。法院经审理认定协议无效，并判决撤销房屋过户登记。此时，房屋所有权将恢复至原状态，甲可能因欺诈行为承担相应的法律责任。

总结与建议：以协议无效为由撤销行政登记，需要依据《民法典》中关于民事法律行为效力的规定，以及《行政许可法》中关于行政许可撤销的相关规定。在实际操作中，建议收集充分证据，依法向行政机关提出撤销申请，并在必要时通过法律途径维护自身权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。