协议的名称可以直接叫“xxx公司第三次增资协议”，但需注意以下几点法律和实务层面的考量：

1. 协议名称的合法性与合规性

• 合法性：协议名称本身不涉及法律禁止性规定，只要内容合法（如符合《公司法》关于增资的规定），名称可以自由设定。
• 合规性：需确保协议内容与名称一致，避免名称与实际条款冲突。例如，若协议实际是第二次增资，但名称写为“第三次”，可能引发争议。

2. 实务中的命名惯例

• 明确性：实务中，增资协议名称通常包含公司名称、增资次数（如“第三次”）、协议性质（如“增资协议”），以清晰反映协议目的。
• 避免歧义：若公司此前已有两次增资，且均签订了协议，使用“第三次”能准确区分历史协议；但若实际增资次数与名称不符，可能影响协议效力或引发纠纷。

3. 可能的风险与建议

• 风险点：
  • 名称与事实不符：若实际增资次数与名称不一致，可能被认定为“虚假记载”或“误导性陈述”，影响协议效力。
  • 内部决策程序：增资需履行公司内部决策程序（如股东会决议），名称中的“第三次”需与决议内容一致，否则可能因程序瑕疵导致协议无效。
• 建议：
  • 核实增资次数：在命名前，确认公司此前增资次数及协议签订情况，确保名称与事实一致。
  • 明确协议内容：在协议中详细描述增资背景、次数、金额、股东权利义务等，避免因名称简单而忽略核心条款。
  • 法律审查：建议由律师对协议名称及内容进行审查，确保合法合规。

4. 替代方案（如需调整）

• 若对“第三次”的表述存疑，可考虑以下替代名称：
  • “xxx公司增资协议（第三次）”：括号补充说明，更灵活。
  • “xxx公司202X年增资协议”：以时间替代次数，避免次数争议。
  • “xxx公司第X轮增资协议”：用“轮次”替代“次数”，更符合投资实务惯例。

总结：协议名称可以直接叫“xxx公司第三次增资协议”，但需确保名称与实际增资次数、内部决策程序一致，并建议在协议中详细描述增资背景及条款。如有疑问，可进一步向我咨询公司法务相关问题。