在确认用工主体责任时，关于被申请人的列明，主要依据的是相关法律法规对于用工主体责任的规定。以下是对此问题的详细解答：

一、用工主体责任的基本原则

根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第四条以及《保障农民工工资支付条例》第三十六条第一款的规定，当建设单位或施工总承包单位将工程发包或分包给不具备合法经营资格的组织或个人，且因此导致拖欠工资等情形时，即便这些单位与实际提供劳动的劳动者之间不存在直接的劳动关系，它们仍然需要承担用工主体责任。这意味着，在特定情况下，发包方或施工总承包单位可能成为承担用工主体责任的被申请人。

二、被申请人的具体列明

1. 承包人情形：

   • 当具备合法经营资格的承包人将承包业务转包或分包给不具备合法经营资格的组织或个人时，若这些组织或个人招用的劳动者请求确认承包人为承担用工主体责任的单位，人民法院将依法予以支持。在此情况下，承包人应被列为被申请人。

2. 被挂靠人情形：

   • 当不具备合法经营资格的组织或个人挂靠具备合法经营资格的单位对外经营时，若这些组织或个人招用的劳动者请求确认被挂靠单位为承担用工主体责任的单位，人民法院同样将依法予以支持。在此情况下，被挂靠单位应被列为被申请人。

三、法律依据与实务建议

• 法律依据：

  • 即将生效实施的《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(二)》【法释〔2025〕12号】第一条和第二条明确规定了承包人和被挂靠人在特定情况下的用工主体责任。

• 实务建议：

  • 对于具备合法经营资格的单位，应尽量避免将承包业务转包或分包给不具备合法经营资格的组织或个人，以及避免允许不具备合法经营资格的组织或个人挂靠本单位对外经营，以减轻自身可能承担的用工主体责任。
  • 在处理劳动争议案件时，应仔细审查案件事实，明确用工主体责任的承担方，并依法列明被申请人。

四、案例分析

以您提供的案例为例，某有限公司将其承包的防水工程的劳务部分分包给没有资质的个人夏明伟，后夏明伟退出，由位某继续承接工程并招聘工人。当工人夏某申请仲裁要求支付工资差额时，虽然夏某与某有限公司之间不存在直接的劳动关系，但根据法律规定，某有限公司作为发包方仍需承担用工主体责任，因此被列为被申请人。

综上所述，在确认用工主体责任时，被申请人的列明应依据相关法律法规和案件事实进行判断。在承包人或被挂靠人存在违法转包、分包或挂靠行为，并因此导致劳动者权益受损的情况下，这些单位应被依法列为承担用工主体责任的被申请人。