被股东起诉职务侵占后，即使对方撤案，一般情况下案件也不能直接撤销，因为职务侵占罪属于公诉案件，是否撤案由司法机关决定。以下从不同角度为您详细分析：
一、职务侵占罪的性质与撤案权限
职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。它属于公诉案件，这意味着一旦公安机关立案侦查，就会按照刑事诉讼程序进行，被害人（包括股东）没有权利决定是否撤销案件。撤案的权限掌握在司法机关手中，即公安机关、人民检察院和人民法院。
二、可能撤案的情形
尽管一般情况下被害人不能撤案，但在某些特定情形下，司法机关可能会决定撤案：
侦查阶段：如果公安机关在侦查过程中发现案件具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等，会依法撤销案件。
审查起诉阶段：在审查起诉阶段，如果人民检察院认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的，应当作出不起诉决定，这等同于案件撤销。
审判阶段：如果案件已经到了审判阶段，法院会依据事实和法律进行判决，不会因被害人（股东）的意愿而撤案。但被害人可以通过刑事附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人返还财物、赔偿损失等。
三、股东撤案的影响与限制
股东作为被害人，即使提出撤案申请，也不能直接导致案件撤销。因为刑事犯罪侵害的不仅是被害人的权益，还损害了社会公共利益。司法机关会综合全案情况，包括犯罪事实、证据、犯罪情节等，来判断是否继续追诉。
如果犯罪嫌疑人积极退赔、取得被害人谅解等，这些情节可以作为从轻处罚的依据，但并不能因此撤案。司法机关会依据法律规定和案件事实，作出公正的裁决。
四、建议与后续行动
配合司法机关调查：无论案件是否可能撤案，都应积极配合司法机关的调查工作，提供必要的证据和信息。
关注案件进展：及时了解案件的侦查、审查起诉和审判进展，以便在必要时采取相应的法律措施。
考虑刑事附带民事诉讼：如果案件最终进入审判阶段，且被害人（股东）希望获得经济赔偿，可以考虑提起刑事附带民事诉讼。
寻求专业法律帮助：在整个过程中，如果感到困惑或需要进一步的法律建议，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。
总结来说，被股东起诉职务侵占后，即使对方撤案，案件也不能直接撤销。是否撤案由司法机关根据案件事实和法律规定来决定。因此，建议您密切关注案件进展，并积极配合司法机关的工作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。