政府、事业单位不能仅以超过诉讼时效为由拒绝付款。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、诉讼时效的法律意义
诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其权利的权利。然而，诉讼时效的经过并不导致权利本身的消灭，只是使权利人丧失了胜诉权，即法院不再强制保护其权利。因此，即使超过诉讼时效，政府或事业单位也不能直接以此为由拒绝履行付款义务，因为这并不改变其原本应承担的付款责任。
二、政府、事业单位的付款义务
政府、事业单位作为公共机构，在与其他主体进行经济交往时，同样需要遵守合同约定和法律规定。如果其与供应商或其他服务提供商签订了合同，并约定了付款条款，那么政府或事业单位就有义务按照合同约定履行付款责任。这种义务是合同性的，不受诉讼时效的影响。即使超过诉讼时效，政府或事业单位仍然需要履行其合同义务，否则可能构成违约。
三、超过诉讼时效后的法律后果
胜诉权丧失：如前所述，超过诉讼时效后，权利人将丧失胜诉权，即法院不再强制保护其权利。但这并不意味着权利人无法通过其他途径维护自己的权益。
自愿履行：如果义务人（如政府或事业单位）自愿履行付款义务，即使超过诉讼时效，权利人仍然有权接受。并且，义务人履行后不得以不知时效期间届满为由要求返还。
协商与调解：在超过诉讼时效的情况下，双方可以通过协商或调解的方式解决纠纷。如果政府或事业单位愿意履行付款义务，但希望就付款金额、方式等条款进行协商，那么双方可以达成新的协议。
四、实际操作建议
及时主张权利：为了避免超过诉讼时效，权利人应及时向政府或事业单位主张权利，并保留相关证据。
协商与沟通：在超过诉讼时效的情况下，权利人可以尝试与政府或事业单位进行协商和沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：如果协商无果，权利人可以考虑通过法律途径维护自己的权益。虽然超过诉讼时效可能影响胜诉权，但法院在审理案件时仍会考虑其他因素，如合同的有效性、义务人的履行情况等。
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