承包两层房屋建设，该纠纷的性质更倾向于认定为建设工程合同纠纷，而非承揽合同纠纷，但具体还需根据合同内容及实际履行情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从合同性质角度分析
建设工程合同：
- 定义：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，建设工程合同是指承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。这通常涉及大型、复杂的工程项目，如房屋建筑、道路桥梁建设等。
- 特点：建设工程合同往往具有投资大、周期长、技术复杂、风险高等特点，且通常需要遵循严格的招投标程序、施工规范和验收标准。
承揽合同：
- 定义：承揽合同是承揽人按照定作人的要求完成工作，交付工作成果，定作人支付报酬的合同。这通常涉及较小规模、技术相对简单的加工、制作或修理等工作。
- 特点：承揽合同更注重工作成果的交付，而非工作过程的管理和控制，且通常不涉及复杂的招投标程序和施工规范。
分析：承包两层房屋建设，虽然规模可能不如大型工程项目，但通常也涉及一定的技术要求、施工规范和验收标准。如果合同内容更侧重于房屋的建设过程、质量标准和验收程序，那么该纠纷更倾向于认定为建设工程合同纠纷。
二、从合同内容及实际履行情况角度分析
合同内容：
- 如果合同中明确约定了房屋的建设标准、施工规范、验收程序等，且这些约定符合建设工程合同的特点，那么该纠纷应认定为建设工程合同纠纷。
- 如果合同中主要约定的是房屋的设计、制作或安装等具体工作成果的交付，且这些约定更符合承揽合同的特点，那么该纠纷可能更倾向于认定为承揽合同纠纷。但这种情况在房屋建设领域较为少见。
实际履行情况：
- 在实际履行过程中，如果承包人按照发包人的要求进行了房屋的建设，并遵循了相关的施工规范和验收标准，那么该纠纷更倾向于认定为建设工程合同纠纷。
- 如果承包人只是按照发包人的简单要求进行了房屋的设计或制作，并未涉及复杂的施工过程和验收程序，那么该纠纷可能更倾向于认定为承揽合同纠纷。但同样，这种情况在房屋建设领域也较为罕见。
三、法律建议
- 审查合同内容：首先，应仔细审查合同内容，明确合同约定的权利义务、工作范围、质量标准等关键条款，以判断合同性质。
- 收集证据材料：其次，应收集与纠纷相关的证据材料，如施工记录、验收报告、付款凭证等，以证明实际履行情况。
- 咨询专业律师：最后，如果无法确定纠纷性质或需要进一步维护自身权益，建议咨询专业律师进行法律分析和诉讼策略制定。
总结：承包两层房屋建设的纠纷性质需根据合同内容及实际履行情况综合判断。在大多数情况下，该纠纷更倾向于认定为建设工程合同纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。