在自建房三层以上的建设工程中，合同性质究竟是建设工程合同还是承揽合同，需根据具体情况和合同内容来判断，无法一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同性质判断的基本原则

• 建设工程合同：通常涉及大型、复杂的工程项目，如房屋建筑、道路桥梁等。这类合同往往要求承包方具备相应的建筑资质，且合同内容详细规定了工程质量、工期、价款等关键条款。在自建房三层以上的情况下，如果工程规模较大、技术要求较高，且合同中明确约定了上述关键条款，那么该合同更可能被认定为建设工程合同。
• 承揽合同：则更侧重于完成特定的工作成果，如定制家具、制作工艺品等。承揽合同中，定作人提供材料或要求，承揽人按照定作人的要求完成工作并交付成果。在自建房三层以上的场景中，如果工程相对简单，主要侧重于按照房主的要求进行施工，且合同中更多关注的是工作成果而非施工过程，那么该合同可能更倾向于被认定为承揽合同。

2. 影响合同性质判断的关键因素

• 工程规模与复杂度：三层以上的自建房，如果涉及复杂的结构设计、大量的建筑材料和专业的施工技术，那么更可能被视为建设工程合同。反之，如果工程简单，主要侧重于装修或小型改造，则可能更接近承揽合同。
• 承包方资质：建设工程合同通常要求承包方具备相应的建筑资质，以确保工程质量和安全。如果承包方具备此类资质，并在合同中明确体现了这一点，那么该合同更可能被认定为建设工程合同。
• 合同内容与条款：合同中的具体条款，如工程范围、工期、价款支付方式、质量标准等，也是判断合同性质的重要依据。如果合同详细规定了这些条款，并体现了建设工程合同的特征，那么该合同更可能被视为建设工程合同。

3. 法律后果与风险提示

• 如果合同被认定为建设工程合同：那么双方将受到《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的约束。这意味着承包方必须具备相应的建筑资质，否则可能面临行政处罚或合同无效的风险。同时，房主作为发包方，也有义务确保工程质量和安全，否则可能承担相应的法律责任。
• 如果合同被认定为承揽合同：那么双方将主要受到《中华人民共和国民法典》中关于承揽合同的规定约束。在这种情况下，承揽人（即施工方）需要按照定作人（即房主）的要求完成工作，并交付符合要求的工作成果。如果承揽人未能按照要求完成工作，或者工作成果存在质量问题，那么承揽人可能需要承担违约责任或赔偿责任。

4. 建议与操作指南

• 明确合同性质：在签订合同前，双方应明确合同的性质，并根据合同性质选择合适的合同模板和条款。如果不确定合同性质，可以咨询专业律师或法律机构进行评估。
• 完善合同条款：无论合同性质如何，双方都应在合同中详细规定工程范围、工期、价款支付方式、质量标准等关键条款，以避免后续纠纷。
• 确保资质合规：如果合同被认定为建设工程合同，那么承包方必须确保具备相应的建筑资质，并在合同中明确体现这一点。

在实际操作中，如果仍有疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。