结论前置：针对已过起诉期但通过口头协商处理违建小院的情况，可按以下方向处理：

1. 确认协商内容是否具备法律效力
   口头协商本身具有法律效力，但需满足两个条件：一是双方意思表示真实（无欺诈、胁迫）；二是内容不违反法律强制性规定（如不得通过协商将违建合法化）。若协商内容涉及“拆除违建并恢复原状”，属于合法约定，可主张履行；但若协商内容为“支付补偿后保留违建”，则因违反《城乡规划法》而无效。

2. 固定协商证据是关键
   口头协商的难点在于举证。建议立即通过以下方式固定证据：

   • 补签书面协议：明确拆除时间、方式、违约责任等条款；
     
   • 录音录像：记录协商过程（需确保对方知情且不反对）；
     
   • 证人证言：邀请无利害关系第三方在场见证；
     
   • 沟通记录：保存微信、短信等文字往来。

3. 已过起诉期≠完全丧失救济途径
   若原行政处罚决定已过起诉期（通常为6个月），但违建仍未拆除，可分情况处理：

   • 行政途径：向城管部门申请强制执行（需原处罚决定合法且已生效）；
     
   • 民事途径：若协商中对方承诺拆除但未履行，可起诉要求履行协议（需证明协议存在及对方违约）；
     
   • 重新启动行政程序：若发现原处罚决定存在程序违法（如未送达、未告知权利），可申请行政复议或提起行政诉讼（需在知道行政行为之日起6个月内提出）。

4. 风险提示

   • 若违建被认定为“无法采取改正措施消除影响”，可能面临强制拆除且无补偿；
     
   • 口头协商中若涉及“支付费用保留违建”的约定，可能被认定为恶意串通，损害公共利益，导致协议无效。

建议行动步骤：

1. 立即整理所有能证明协商内容的证据；
   
2. 书面催告对方履行协商义务（留存送达凭证）；
   
3. 若对方拒不履行，根据证据类型选择行政或民事途径维权；
   
4. 同步咨询规划部门，确认违建是否属于“必须拆除”情形。

如有具体证据材料或协商细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的方案。