被挂靠人收到工程款后，能否扣除管理费，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、挂靠协议无效的法律后果
挂靠行为本身违反了法律的禁止性规定，因此挂靠协议通常会被认定为无效。根据《民法典》的相关规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还。然而，在建设工程领域，由于挂靠行为的特殊性，管理费的处理并非简单的一概而论。
二、管理费的处理方式
管理费被认定为非法所得：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，挂靠协议无效的，法院有权收缴双方因履行挂靠合同的非法所得。这意味着，如果管理费被视为非法所得，被挂靠人可能无法保留这部分费用，甚至可能面临被法院收缴的风险。
按照合同约定处理（需结合实际情况）：
- 尽管挂靠协议无效，但某些情况下，法院可能会参考合同中的约定来处理管理费问题。这主要取决于被挂靠人是否实际参与了施工管理，以及管理费是否构成了工程价款的一部分。
- 如果被挂靠人实际参与了施工管理：例如，派驻了项目经理、提供了技术支持或协调了各方关系等，且管理费可以视为对其管理服务的合理补偿，那么法院可能会参照合同约定，允许被挂靠人扣除一定比例的管理费。
- 如果被挂靠人未实际参与施工管理：或者管理费纯粹是基于无效的挂靠协议获取的不当利益，那么法院可能会不支持被挂靠人扣除管理费的请求，甚至可能判决其返还已收取的管理费。
双方过错程度的考量：
- 在处理管理费问题时，法院还会考虑双方过错程度。如果挂靠方和被挂靠方对挂靠协议无效均存在过错，法院可能会根据双方过错程度，判定各自承担相应损失。例如，如果被挂靠方存在主要过错，如利用资质优势诱导挂靠，法院可能倾向于支持挂靠方要求全额返还管理费的请求。
三、实际案例与司法实践
- 从司法实践来看，各级法院对于“挂靠费”的判法并不统一。有些法院可能会收缴被挂靠人已经取得的非法所得，而有些法院则可能会参照合同约定或双方过错程度来处理管理费问题。
- 例如，在某些案例中，法院认为被挂靠人未实际参与施工管理，因此不支持其扣除管理费的请求；而在另一些案例中，法院则认为被挂靠人实际提供了管理服务，因此允许其扣除一定比例的管理费。
四、建议与风险提示
- 对于被挂靠人而言：在收到工程款后，应谨慎处理管理费问题。如果挂靠协议无效，且被挂靠人未实际参与施工管理，那么扣除管理费可能面临法律风险。建议被挂靠人在处理此类问题时，咨询专业律师的意见，以确保合法合规。
- 对于挂靠方而言：如果认为被挂靠人扣除的管理费不合理或违法，可以通过法律途径维护自己的权益。例如，可以向法院提起诉讼，要求被挂靠人返还已扣除的管理费。
- 风险提示：挂靠行为本身违法，不仅存在民事法律风险，还可能面临行政处罚等行政法律风险。因此，建议各方在从事建设工程活动时，遵守相关法律法规，避免陷入法律纠纷。
综上所述，被挂靠人收到工程款后能否扣除管理费，需根据挂靠协议的有效性、被挂靠人是否实际参与施工管理、双方过错程度以及司法实践中的具体判法来综合判断。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。