甲方合同中约定的违约金赔偿为日万分之三，在多数情况下是合规的，但具体是否合规还需结合合同内容、违约情况以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、从合同自由原则的角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括违约金的数额或计算方法。因此，如果合同中明确约定了违约金为日万分之三，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是有效的。

二、从违约金调整规则的角度

虽然合同双方可以自由约定违约金，但法律也赋予了法院或仲裁机构在特定情况下对违约金进行调整的权力。根据《民法典》第五百八十五条：“约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少”。

• 如果日万分之三的违约金低于实际损失：违约方可以请求法院或仲裁机构增加违约金，以弥补其实际损失。
• 如果日万分之三的违约金过分高于实际损失：守约方虽然可以主张按照合同约定收取违约金，但违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少。此时，法院或仲裁机构会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，来确定最终的违约金数额。

三、从行业惯例和公平原则的角度

在判断违约金是否合规时，还可以参考行业惯例和公平原则。如果日万分之三的违约金在行业内属于合理水平，且没有显失公平的情况，那么该约定通常是合规的。然而，如果该违约金明显高于或低于行业惯例，或者对一方当事人显失公平，那么该约定可能会受到法律的调整。

四、建议与注意事项

1. 在签订合同时：双方应充分协商违约金条款，确保约定既符合双方利益，又不违反法律法规。
2. 在履行合同过程中：如发生违约情况，双方应首先按照合同约定处理；如对违约金有争议，可寻求法律途径解决。
3. 在主张违约金时：守约方应提供充分证据证明其实际损失，以便法院或仲裁机构准确判断违约金是否需要调整。

举例说明：假设一份买卖合同中约定，如果卖方逾期交货，需按照日万分之三的标准向买方支付违约金。后来卖方确实逾期交货了，但买方因此遭受的实际损失远低于按照日万分之三计算的违约金数额。在这种情况下，卖方有权请求法院或仲裁机构适当减少违约金。

综上所述，甲方合同中约定的违约金赔偿为日万分之三是否合规，需结合具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。