活禽运输跨省不按指定通道入境的，运输人将面临行政处罚，具体后果及法律责任如下：
一、法律责任概述
根据《中华人民共和国动物防疫法》及相关地方性法规的规定，通过道路跨省运输动物时，必须经过省、自治区、直辖市人民政府设立的指定通道入省境或过省境。若未遵守此规定，运输人将承担相应的法律责任。
二、具体法律后果
行政处罚：
- 县级以上地方人民政府农业农村主管部门有权对违规的运输人进行处罚。
- 处罚标准通常为五千元以上一万元以下罚款；若情节严重，罚款金额可提升至一万元以上五万元以下。
情节严重的认定：
- 情节严重可能包括多次违规、运输动物数量庞大、造成动物疫情传播风险增加等情况。具体认定标准可能因地区而异，需参考当地农业农村主管部门的具体规定。
三、法律依据与案例分析
法律依据：
- 《中华人民共和国动物防疫法》第一百零二条明确规定了未经指定通道跨省运输动物的处罚措施。
- 各地还可能根据本地实际情况制定地方性法规，如《内蒙古自治区动物防疫条例》等，对违规行为进行进一步规范。
案例分析：
- 以马某某跨省输入动物（羊）未经指定通道进入案为例，货主被处以警告和800元罚款。此案例表明，即使违规情节相对较轻，也可能面临行政处罚。
四、建议与措施
遵守法律法规：
- 运输人在进行活禽跨省运输时，务必了解并遵守相关法律法规，确保经过指定通道入境。
加强内部管理：
- 运输企业应建立完善的内部管理制度，对运输人员进行法律法规培训，提高合规意识。
及时咨询与沟通：
- 若对法律法规或运输路线有疑问，运输人应及时向当地农业农村主管部门咨询，确保运输行为合法合规。
活禽运输跨省不按指定通道入境是违法行为，运输人将面临行政处罚。为避免不必要的法律风险和经济损失，建议运输人严格遵守相关法律法规，确保运输行为合法合规。如有任何法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。