鸡苗运输跨省未按指定通道入境，将面临行政处罚，具体后果及法律责任如下：

一、法律后果

根据《中华人民共和国动物防疫法》第一百零二条的规定，通过道路跨省、自治区、直辖市运输动物，未经省、自治区、直辖市人民政府设立的指定通道入省境或者过省境的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门对运输人处五千元以上一万元以下罚款；情节严重的，处一万元以上五万元以下罚款。这一规定明确了未经指定通道运输动物的违法性和相应的处罚标准。

二、具体案例与处罚

在实际操作中，已有多个案例因跨省运输动物未经指定通道入境而受到处罚。例如，在张某某跨省输入动物未经指定通道进入案中，当事人张某某跨省调运到纳溪区某屠宰场的一批肉牛，虽然持有《动物检疫合格证明》，但未经指定通道进入，未盖有指定通道检疫章，因此被处以罚款。这一案例进一步印证了未经指定通道运输动物的违法性和处罚的严肃性。

三、法律建议

1. 遵守法律法规：运输人在进行跨省运输动物时，务必遵守相关法律法规，选择指定的通道入境，并接受相关部门的检查和检疫。

2. 了解并遵守地方性法规：除了国家层面的法律法规外，不同地区可能还有具体的地方性法规或实施办法。运输人在进行跨省运输前，应了解并遵守目的地的相关法规，以避免不必要的法律风险。

3. 积极配合检查：在运输过程中，如遇到相关部门的检查，运输人应积极配合，提供必要的文件和资料，以便顺利通过检查。

4. 及时咨询与处理：如果运输人在运输过程中遇到任何法律问题或疑问，应及时咨询专业律师或相关部门，以便及时得到解答和处理。

四、可能面临的额外责任

除了行政处罚外，如果未经指定通道运输的动物携带了疫情或疾病，导致疫情扩散或造成其他严重后果的，运输人还可能面临更严重的法律责任，包括但不限于刑事责任和民事赔偿责任。因此，运输人在进行跨省运输动物时，务必严格遵守相关法律法规和检疫要求，确保运输过程的安全和合法。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。