在行政许可申请过程中，若申请人死亡，处理方式需根据具体情况及行政许可的性质进行判断，具体处理方式如下：
若行政许可申请事项具有人身专属性
根据《行政许可法》第七十条第二项规定，若行政许可事项直接关联申请人个人身份、资格或技能（如医师执业资格、律师执业证等），因申请人死亡导致许可主体灭失，行政机关应当依法办理注销手续。例如，医疗执业许可因持证人死亡而自动失效，无需继承人继续申请。
若行政许可申请事项可继承或转让
对于非人身专属性的行政许可（如企业营业执照、矿产资源开采许可等），需分两种情形处理：
- 法定继承情形：若许可事项涉及财产权益且存在合法继承人，继承人可持死亡证明、继承权公证书等材料，向行政机关申请变更许可主体。例如，个体工商户营业执照在经营者死亡后，其配偶或子女可申请变更经营者。
- 转让限制情形：若法律明确禁止转让（如危险化学品经营许可），则行政机关应终止审查并注销原申请；若允许转让，则需按法定程序办理主体变更。
申请程序中的特殊处理
- 尚未受理阶段：若申请人死亡时行政机关尚未受理申请，其继承人可重新提交申请材料，但需以新申请人名义启动程序。
- 已受理未决定阶段：行政机关应中止审查，通知继承人限期（通常为30日）提供继承证明材料。逾期未提供的，按撤回申请处理；材料齐全的，继续审查并作出决定。
- 已作出许可决定但未领取证件阶段：行政机关应将许可证件发放给合法继承人，或根据继承人申请变更许可主体。
实务建议：
- 继承人应及时向行政机关提交死亡证明、继承关系公证书等材料，避免因超期被视为放弃申请。
- 若行政许可涉及复杂财产关系（如合伙企业许可），建议通过公证或诉讼程序明确继承人资格后再行申请。
- 行政机关拒绝变更或注销的，继承人可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
法律依据：
- 《行政许可法》第七十条（注销情形）
- 《民法典》继承编（继承权认定）
- 各行业专项许可管理办法（如《医疗器械监督管理条例》）
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