结论前置：针对合同中既约定管理费又约定包干价的情况，需结合合同条款的具体表述、双方真实意思表示及合同履行情况综合判断，可能存在以下两种处理路径：

1. 优先审查合同条款的明确性

• 条款冲突处理：若合同中同时存在“管理费按3%计取”和“包干价（即总价固定，不因工程量增减调整）”的表述，需首先审查条款是否存在矛盾或优先适用规则。根据《民法典》第142条，合同解释应遵循文义解释优先原则：
  • 若条款明确约定“包干价包含管理费”，则管理费已包含在总价中，发包方无权另行主张；
  • 若条款未明确管理费是否包含在包干价内，需结合合同目的、行业惯例及双方交易习惯判断。例如，若包干价明显低于市场成本价，可能推定管理费未包含在内，但需承包方举证。
• 举证责任分配：主张管理费应另行支付的当事人，需证明包干价未涵盖该费用（如提供成本测算表、行业计价规范等）；反之，主张管理费已包含的当事人，需证明合同总价已涵盖全部费用。

2. 结合合同履行情况认定实际意思表示

• 实际履行行为：若双方在合同履行过程中（如进度款支付、结算单签署）均未对管理费提出异议，可视为对合同条款的默认变更。根据《民法典》第543条，当事人协商一致可变更合同。
• 显失公平的救济：若管理费约定导致合同权利义务严重失衡（如管理费占包干价比例过高），受损方可依据《民法典》第151条主张撤销合同，但需在知道撤销事由之日起1年内行使权利。

实务建议

1. 立即固定证据：包括合同文本、补充协议、往来函件、结算单据、付款凭证等，以证明双方真实意思表示；
2. 协商优先：通过补充协议明确管理费与包干价的关系，避免后续争议；
3. 诉讼/仲裁准备：若协商无果，需根据合同争议解决条款（如仲裁或诉讼）及时启动程序，并注意诉讼时效（一般为3年）。

提示：合同条款的模糊性是此类纠纷的核心，建议后续签订合同时明确约定“包干价是否包含管理费、规费、税费等全部费用”，并附详细费用清单。如有具体合同文本，可进一步提供细节以便精准分析。