未竣工决算不一定影响土地增值税的清算。具体分析如下：

一. 土地增值税的清算条件

1. 根据国税发〔2006〕187号文件，符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。由此可见，即使项目未竣工决算，但如果发生整体转让，仍需要进行土地增值税的清算。
2. 另外，主管税务机关在特定情况下也可要求纳税人进行土地增值税清算，如已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例达到一定标准等。

二. 未竣工决算时的处理

• 如果房地产开发项目未竣工决算，但已经符合上述清算条件，纳税人仍需按照规定进行土地增值税的清算。
• 在清算过程中，对于未竣工决算部分，纳税人应合理估算相关成本和费用，并提供合法有效凭证，以确保清算的准确性。

综上所述，未竣工决算并不一定会影响土地增值税的清算，关键在于是否符合清算条件以及能否提供合法有效的凭证来准确核算相关成本和费用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。