结论前置：单位租赁合同前期已转租，后期若要改为合伙经营，需根据原租赁合同条款、转租协议约定及法律规定，分情况处理后续事宜。以下是具体分析：

一、原租赁合同对转租及用途变更的约定是关键

1. 若原合同明确禁止转租或限制用途
   根据《民法典》第716条，承租人未经出租人同意转租的，出租人可解除合同。若原合同已明确禁止转租，或约定租赁用途为“独资经营”等排除合伙的形式，则：

   • 转租行为可能已构成违约，出租人有权要求解除合同或追究违约责任；
     
   • 后期若强行改为合伙经营，可能因“用途变更”进一步违约，需承担赔偿损失等责任。
     建议：立即与出租人协商，补充书面同意转租及用途变更的协议，避免法律风险。

2. 若原合同允许转租但未限制用途
   转租行为合法，但后期改为合伙经营需注意：

   • 合伙经营可能涉及新增合伙人、改变经营主体（如从个人转为合伙企业），需确认原合同是否允许“经营主体变更”；
     
   • 若原合同仅允许“转租给第三方使用”，但未明确禁止合伙，则需评估合伙是否实质改变租赁目的（如从单一业务转为联合经营）。
     建议：审查转租协议中是否约定“次承租人不得引入合伙人”，若有则需重新协商；若无，可书面通知出租人合伙事宜，保留沟通证据。

二、转租协议对后期合伙的约束需重点审查

1. 转租协议是否限制次承租人权利
   若转租协议中明确“次承租人不得转包、分包或引入合伙人”，则后期合伙可能违反该条款，次承租人需承担违约责任（如支付违约金、解除转租合同）。
   建议：优先与次承租人协商修改转租协议，或通过“补充协议”明确合伙的具体形式（如利润分配、责任承担），避免纠纷。

2. 次承租人是否具备合伙资格
   若合伙需以“合伙企业”名义经营，需确认次承租人是否已注册相应主体，且租赁房屋用途与营业执照范围一致。
   风险点：若未注册合伙企业而直接以“合伙”名义经营，可能被认定为“无照经营”，面临行政处罚。
   建议：合伙前完成工商登记，并在租赁合同中明确“经营主体为XX合伙企业”。

三、法律程序与证据保留的实操建议

1. 书面沟通是核心
   无论与出租人还是次承租人协商，均需通过书面形式（如邮件、函件）确认同意内容，避免口头约定无效。

2. 修改合同需双方签字
   若需变更原租赁合同或转租协议，必须由出租人、承租人、次承租人（如涉及）共同签署补充协议，明确“允许合伙经营”及具体条款。

3. 保留经营变更的证据
   合伙后，需保留合伙协议、工商登记证明、租金支付记录等材料，证明实际经营主体与租赁合同的一致性。

总结：单位租赁合同转租后改为合伙经营，需优先审查原合同与转租协议的条款，通过协商补充协议明确各方权利义务。若存在限制条款，强行合伙可能面临合同解除、违约赔偿等风险。建议根据具体情况，分步骤处理法律手续，确保合规经营。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。