银行在特定情况下可以配合律师调查取证。以下是对此问题的详细分析：

一. 银行配合调查取证的法律依据

1. 《民事诉讼法》的相关规定：
   • 根据《民事诉讼法》第六十四条，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
   • 《民事诉讼法》第六十七条进一步规定，人民法院有权向有关单位和个人调查取证，有关单位和个人不得拒绝。

分析：这两条规定明确了人民法院在调查取证方面的权力，以及有关单位和个人（包括银行）在接到人民法院调查要求时的配合义务。

二. 银行拒绝配合的可能依据及反驳

1. 银行可能依据的《商业银行法》第三十条：
   • 该条规定对单位存款，商业银行有权拒绝任何单位或者个人查询，法律、行政法规另有规定的除外。

分析：银行可能以此为依据拒绝律师的调查取证要求。但需注意，此规定中的“法律、行政法规另有规定的除外”为关键，意味着当有其他法律（如《民事诉讼法》）规定银行应配合调查时，银行应遵守相关规定。

1. 银行对调查令的理解问题：
   • 银行可能认为调查令不属于“法律”“法规”的范畴，因此拒绝配合。但这一理解是片面的，因为调查令是人民法院根据法律规定签发的，具有法律效力。

反驳：如上文所述，《民事诉讼法》明确规定了人民法院的调查取证权，以及有关单位和个人的配合义务。因此，银行不能仅凭对调查令性质的理解就拒绝配合。

三. 实际案例中的处理

• 在本案例中，银行最初拒绝配合律师持调查令的调查取证要求。但经过法院和银行的进一步沟通，银行最终表示如法院出具《协助查询存款通知书》，将积极、高效配合相关查询工作。

综上所述，银行在接到人民法院的调查要求时，有配合调查取证的义务。如果银行拒绝配合，人民法院有权采取相应措施进行处罚。因此，在律师持有效调查令或法院相关文件要求银行配合调查取证时，银行应当予以配合。如有进一步需要，您可以继续咨询我。