公司新任法人、总经理不来公司任职，并不直接影响公司证照的返还和股份的处理。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公司证照的返还

1. 证照归属：公司的证照，如营业执照、公章等，属于公司财产，而非个人所有。因此，无论法人或总经理是否来公司任职，这些证照都应归还给公司。
2. 返还流程：若新任法人或总经理持有公司证照且不愿归还，公司可通过正式函件要求其归还。若仍不归还，公司可考虑通过法律途径，如提起诉讼，要求返还。

• 例如，若某公司的新任法人因个人原因不来公司任职，但持有公司营业执照，公司应首先通过书面方式要求其归还，若其拒绝，公司可寻求法律帮助。

二. 股份的处理

1. 股份转让：若新任法人或总经理因不来公司任职而希望转让其股份，应按照公司章程和相关法律法规进行。通常，这需要与其他股东协商，并可能涉及股份评估、转让价格确定等步骤。
2. 股份保留：若其不打算转让股份，仍可保留其股东身份，并享有相应的股东权利，但可能不参与公司的日常经营管理。

• 例如，若某公司的新任总经理决定不来公司任职，但其持有的股份对公司至关重要，他可以选择保留股份并享受分红，而不参与公司的日常运营。

三. 法律建议

1. 遵循公司章程：在处理公司证照和股份问题时，应首先遵循公司章程的相关规定。
2. 法律咨询：若遇到复杂或争议较大的情况，建议咨询专业律师，以确保处理方式的合法性和有效性。

我建议公司应首先通过内部沟通解决证照返还和股份处理的问题。若无法达成共识，可寻求法律途径维护公司权益。同时，公司应完善相关管理制度，明确证照和股份的管理流程和责任，以避免类似问题的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。