协商解除劳动关系协议书只盖公司章，在多数情况下是生效的，但也存在例外。以下是对此问题的详细分析：

一、公章的法律效力

公章是单位法定代表权的象征，它代表着单位对某一行为的正式认可与确认。在协商解除劳动关系的情境中，加盖公章通常意味着单位对解除劳动关系这一行为的正式认可，从而赋予了协议以法律效力。这是因为公章的使用能够确保协议的正式性和权威性，使得协议内容更具可信度和执行力。

二、例外情况

尽管公章在多数情况下是协议生效的必要条件，但也存在例外情况。具体来说，如果存在明确的授权或者其他能够充分证明单位真实意愿的方式，那么即使未加盖公章，该协议仍然可能会被视为有效。例如，如果单位法定代表人或授权代表在协议上签字，并明确表示了单位对解除劳动关系的认可，那么该协议在法律上同样具有效力。

三、法律建议

1. 确保协议正式性：为了确保协商解除劳动关系协议书的正式性和权威性，建议双方在签订协议时加盖公章。这有助于减少后续可能出现的纠纷和争议。
2. 保留相关证据：如果因特殊原因无法加盖公章，建议双方保留好相关证据，如授权书、签字记录等，以证明单位对解除劳动关系的真实意愿。
3. 咨询专业律师：在签订协商解除劳动关系协议书前，建议双方咨询专业律师，以确保协议内容合法、合规，并充分保障双方的权益。

四、可能的法律后果

如果协商解除劳动关系协议书未加盖公章，且没有其他能够证明单位真实意愿的方式，那么该协议在法律上可能会被视为无效或存在瑕疵。这可能导致双方在后续执行过程中出现纠纷和争议，甚至可能需要通过法律途径来解决。

如有任何关于劳动工伤或劳动仲裁方面的法律问题，可以直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律建议。