单位纪检在核实后确认不违法的情况下，是可以撤案的。这一结论主要基于监察法及相关实践案例，以下从法律背景、实践操作及注意事项三个角度进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国监察法》第四十五条第二款的规定，监察机关经调查，对没有证据证明被调查人存在违法犯罪行为的，应当撤销案件，并通知被调查人所在单位。这一条款明确规定了监察机关在调查后，若发现没有证据证明被调查人存在违法犯罪行为，应当依法撤销案件。这一规定体现了以事实为根据、以法律为准绳的基本原则，对于保护公职人员的合法权利，维护国家监察工作的严肃性和权威性具有十分重要的意义。
实践操作
调查核实：单位纪检在接到举报或发现线索后，会依法进行调查核实。这一过程中，纪检部门会采取多种调查措施，如询问当事人、查阅相关文件、收集证据等，以全面、客观地了解事实情况。
证据评估：在调查核实后，纪检部门会对收集到的证据进行评估。若证据不足以证明被调查人存在违法犯罪行为，或者经过深入调查后发现之前的认识存在误差甚至根本性偏差，纪检部门会依法作出不构成违纪、职务违法和犯罪的认定。
撤案决定：基于上述调查核实和证据评估的结果，若纪检部门认定被调查人不构成违法犯罪，会依法作出撤案决定，并通知被调查人所在单位。这一决定旨在纠正错误，恢复被调查人的名誉和合法权益。
注意事项
程序合法性：在撤案过程中，纪检部门必须严格遵守法定程序，确保撤案决定的合法性和有效性。这包括依法进行调查核实、证据评估、撤案决定等环节，避免出现程序瑕疵或违法情况。
通知与澄清：撤案后，纪检部门应及时通知被调查人所在单位，并在一定范围内为被调查人予以澄清。这有助于恢复被调查人的名誉和合法权益，减少对其工作和生活的影响。
反思与改进：对于撤案的情况，纪检部门应深刻反思案件被撤销的根本原因，认真检查工作中存在的不足和漏洞。这有助于提高纪检工作的质量和效率，避免类似情况的再次发生。
举例说明：
假设某单位纪检部门接到举报，称该单位某员工涉嫌受贿。纪检部门依法进行调查核实，通过询问当事人、查阅相关文件、收集证据等方式，全面了解了事实情况。经过深入调查后，纪检部门发现举报内容不实，没有证据证明该员工存在受贿行为。于是，纪检部门依法作出撤案决定，并通知了该员工所在单位。同时，纪检部门还在一定范围内为该员工予以澄清，恢复了其名誉和合法权益。
建议：
若您或您所在单位遇到类似情况，建议积极配合纪检部门的调查核实工作，提供真实、完整的证据和信息。同时，若对撤案决定有异议或认为自身权益受到侵害，可以依法向相关部门提出申诉或寻求法律援助。如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。