结论：合同总价款1000万元，但有300万元存在变更，这一情况是否合理，需结合变更原因、合同条款及法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同变更的合法性

• 法律依据：根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。因此，若双方就300万元的变更达成一致，并符合法律规定，则变更合法。
• 关键点：需确认变更是否经过双方书面确认（尤其是大额变更），以及是否违反法律强制性规定（如招投标法中关于合同变更的限制）。

2. 变更的合理性

• 变更原因：
  • 设计变更/工程量增减：若因工程需求变化导致价款调整，需审查变更是否符合合同约定的程序（如是否经设计单位确认、是否履行审批流程）。
  • 市场波动：若因材料价格大幅上涨导致成本增加，需看合同是否约定调价机制（如固定总价合同通常不调整，但可变总价合同可能允许）。
  • 双方协商：若为双方协商一致的结果，需确认协商过程是否公平，是否存在显失公平或欺诈情形。
• 合同条款：需审查原合同是否约定变更条件（如变更范围、审批流程、价款调整方式）。若合同未明确约定，则变更需符合行业惯例或公平原则。

3. 可能的风险点

• 单方变更风险：若一方未经对方同意擅自变更价款，可能构成违约，需承担违约责任（如赔偿损失、继续履行合同）。
• 证据留存：变更需留存书面证据（如补充协议、会议纪要、邮件确认等），否则可能因证据不足导致争议。
• 税务合规：价款变更可能影响发票开具和税务申报，需确保符合税法规定。

4. 建议行动

• 审查合同：核对原合同中关于变更的条款，确认变更是否符合约定。
• 留存证据：整理变更相关的书面材料，证明双方协商一致的过程。
• 协商或诉讼：若对变更合理性存疑，可先与对方协商；协商不成，可依据合同约定或法律规定提起诉讼/仲裁。

示例说明

• 合理情形：若因设计变更导致工程量增加30%，双方按合同约定程序签订补充协议，调整价款300万元，则合法合理。
• 不合理情形：若一方未经对方同意，擅自以“市场波动”为由增加价款，且无合同依据，则可能构成违约。

总结：300万元的变更是否合理，需结合变更原因、合同条款及证据情况综合判断。建议进一步审查合同及变更过程，必要时咨询专业律师以规避风险。如有具体问题，可直接向我咨询。