结论前置：单位自行对中层停职6个月后，停职结束的处理方式需结合停职性质、单位规章制度及劳动合同约定综合判断，具体处理方向如下：

1. 若停职符合单位规章制度且程序合法

• 恢复职务：若停职期间未发现员工存在严重违纪行为（如贪污、渎职、违反职业道德等），且单位规章制度明确停职为“调查期”或“观察期”，停职结束后单位应恢复员工原职务及待遇。
  
• 调岗或降职：若停职期间发现员工存在轻微违纪（如工作疏忽、管理失职等），但未达到解除劳动合同程度，单位可依据规章制度调整岗位或降低职级，但需与员工协商一致，并书面确认调整依据。
  
• 解除劳动合同：若停职期间查明员工存在严重违纪（如刑事犯罪、严重损害单位利益等），单位可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，无需支付经济补偿。

2. 若停职缺乏合法依据或程序违法

• 恢复职务并补发工资：若单位未通过民主程序制定停职制度，或停职决定未告知员工理由、未听取员工申辩，属于违法停职。员工可要求单位恢复职务，并补发停职期间工资（按正常出勤标准计算）。
  
• 主张违法解除赔偿：若单位以停职为名变相解除劳动合同（如停职期满后直接辞退），员工可主张单位违法解除，要求支付赔偿金（2N倍经济补偿）。
  
• 行政投诉或仲裁：员工可向劳动监察部门投诉单位违法停职，或申请劳动仲裁要求确认停职违法、恢复劳动关系。

3. 关键操作建议

• 单位角度：
  
  • 停职前需核查规章制度是否经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、是否公示告知员工；
    
  • 停职决定应书面送达员工，明确停职理由、期限及后续处理方式；
    
  • 停职期间应正常支付工资（除非规章制度明确停职为无薪调查期，且符合地方规定）。
    
• 员工角度：
  
  • 要求单位出具书面停职通知，核实停职依据；
    
  • 停职期间保留出勤记录、工作沟通证据；
    
  • 若认为停职违法，可在停职期满后60日内申请劳动仲裁。

提示：停职处理需严格遵循“事实清楚、依据充分、程序合法”原则，否则单位可能承担违法责任。如有具体案例细节（如停职原因、单位制度内容等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性分析。