核心结论：公司审计发现缺少合同章，需根据不同情况采取相应措施，主要包括内部自查、补办或重新刻制、完善合同管理流程以及法律风险防范等方面。以下是具体分析：

1. 内部自查与确认
   首先，公司应立即组织内部自查，确认合同章是否确实丢失或遗漏，还是仅在审计过程中未被找到。自查范围应包括合同章的保管记录、使用登记、相关人员询问等。若确认合同章丢失，需进一步评估丢失的时间、地点及可能涉及的业务范围，以判断是否存在潜在的法律风险。

2. 补办或重新刻制合同章

   • 补办手续：若合同章因保管不善而丢失，公司应尽快向公安机关报备，并按照相关规定办理补办手续。补办时需提供公司营业执照、法定代表人身份证明等材料，并重新刻制合同章。
     
   • 重新刻制：若合同章因损坏或老化无法使用，公司可直接联系具有合法资质的印章刻制单位，按照公司章程和法律规定重新刻制合同章。重新刻制后，需及时在公安机关备案，并更新公司内部的印章使用登记。

3. 完善合同管理流程

   • 印章保管制度：公司应建立健全印章保管制度，明确印章的保管责任人、使用审批流程、登记备案等要求，确保印章的安全和合规使用。
     
   • 合同审查机制：加强合同审查机制，确保每份合同在签署前都经过法律部门的审核，避免因印章缺失或不当使用而引发的法律风险。
     
   • 员工培训：定期对员工进行印章管理和合同法律知识的培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。

4. 法律风险防范

   • 合同效力问题：若因合同章缺失导致部分合同未加盖公章，公司需评估这些合同的效力问题。根据《民法典》相关规定，未加盖公章的合同可能因缺乏形式要件而影响其效力，但若双方已实际履行合同主要义务，且对方接受的，合同仍可能被认定为有效。
     
   • 潜在纠纷处理：公司应密切关注与缺失合同章相关的业务往来，及时与合同相对方沟通，说明情况并协商解决方案。若发生纠纷，公司应积极应对，必要时寻求法律援助，以维护自身合法权益。

建议：公司应尽快采取上述措施，确保合同章的合规使用和合同管理的规范性。若在处理过程中遇到法律难题，可直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和解决方案。