结论前置：
- 若房屋损害赔偿中，折旧比例的适用有明确法律依据或合同约定，且该比例合理反映了房屋的实际损耗情况，法院按照折旧比例判决是合法的。
- 若折旧比例的适用缺乏法律依据或合同约定，或者该比例未能合理反映房屋的实际损耗，法院按照折旧比例判决则可能不合法。
法律分析：
在房屋损害赔偿案件中，当鉴定机构出具了修复价格后，法院在判决时是否应按照折旧比例进行，这主要取决于几个关键因素：
一、法律依据与合同约定
- 法律依据：首先，需要查看是否有相关的法律法规明确规定了房屋损害赔偿中应考虑折旧比例。例如，在某些地区的物业管理法规或房屋维修基金使用规定中，可能对房屋折旧有具体的计算方法和比例。若存在这样的规定，且该规定与案件事实相符，法院按照折旧比例判决则是合法的。
- 合同约定：其次，如果房屋买卖合同、租赁合同或其他相关合同中明确约定了房屋损害赔偿时应考虑折旧比例，那么法院在判决时也应遵循这一约定。合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，就应得到尊重和执行。
二、折旧比例的合理性
- 实际损耗情况：折旧比例应合理反映房屋的实际损耗情况。如果房屋因长期使用或自然因素导致价值降低，那么按照一定的折旧比例进行赔偿是合理的。但如果房屋损害是由于特定事件（如火灾、水灾等）导致的，且这些事件与房屋的自然损耗无关，那么按照折旧比例进行赔偿可能就不太合适。
- 公平原则：法院在判决时还应考虑公平原则。如果按照折旧比例判决会导致一方当事人明显不公，那么法院可能会调整判决结果，以确保双方当事人的利益得到平衡。
三、法院的自由裁量权
- 在缺乏明确法律依据或合同约定的情况下，法院在判决时享有一定的自由裁量权。法院会根据案件的具体情况，包括房屋的实际损耗情况、双方当事人的过错程度、赔偿能力等因素，综合判断并作出合理的判决。因此，在这种情况下，法院按照折旧比例判决并不一定违法，但需要确保判决结果的合理性和公正性。
建议与后果：
- 对于当事人而言：如果对法院的判决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。在上诉或申请再审时，应提供充分的证据和理由来支持自己的主张。
- 对于法院而言：在判决时应充分考虑案件的具体情况，确保判决结果的合理性和公正性。如果判决结果引发争议或不满，法院应及时进行解释和说明，以维护司法权威和公信力。
具体例子：
假设某房屋因邻居的施工行为导致损坏，鉴定机构出具的修复价格为10万元。但考虑到该房屋已经使用了多年，存在一定的自然损耗，法院在判决时可能按照一定的折旧比例（如80%）进行赔偿，即判决赔偿8万元。如果这种折旧比例的适用有明确的法律依据或合同约定，且该比例合理反映了房屋的实际损耗情况，那么法院的判决就是合法的。
总结与引导：
房屋损害赔偿中法院是否按照折旧比例判决合法，取决于多个因素的综合考量。如果您在房屋损害赔偿方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。