应急部门对磨米厂的处罚是否违法，不能一概而论，需要结合具体处罚依据、程序及事实情况来判断。以下从几个关键角度为您分析：

1. 处罚依据是否合法

应急部门的处罚必须基于明确的法律法规。例如，若磨米厂存在《中华人民共和国安全生产法》中规定的违法行为（如特种作业人员无证上岗、安全设备不符合标准等），应急部门可依据该法及配套裁量基准（如《应急管理行政处罚裁量权基准》）进行处罚。
关键点：处罚决定书中需明确引用具体法律条款，且条款需现行有效。若引用已废止的法规或条款，则处罚可能违法。

2. 处罚程序是否合规

行政处罚需遵循法定程序，包括：

• 立案调查：应急部门需通过现场检查、取证（如拍照、询问笔录）、调取企业资料（如营业执照、人员证件）等步骤，确认违法事实。
  
• 告知与听证：处罚前应告知企业违法事实、依据及拟处罚内容，并给予陈述申辩机会；若处罚金额较大，企业有权要求听证。
  
• 决定与送达：处罚决定书需载明违法事实、依据、处罚内容及救济途径（如复议、诉讼），并依法送达企业。
  风险点：若程序缺失（如未告知听证权利、未送达决定书），处罚可能因程序违法被撤销。

3. 事实认定是否准确

处罚需以客观事实为基础。例如，若应急部门认定磨米厂“电气开关不防爆”或“特种作业人员证件无效”，需提供现场照片、检测报告、证件核验记录等证据。
案例参考：南昌经开区公布的案例中，应急部门通过拍照取证、调取营业执照、询问笔录等方式，确认了企业违法事实，最终处罚决定被认定为合法。

4. 裁量权行使是否合理

即使违法事实成立，处罚幅度也需符合裁量基准。例如，《应急管理行政处罚裁量权基准》会规定不同违法情节对应的罚款区间。若应急部门未说明裁量理由或超出基准范围，可能构成“滥用裁量权”。
示例：某企业因两项违法被罚2万元，若裁量基准规定同类违法最高罚1.5万元，则处罚可能违法。

5. 企业救济途径

若磨米厂认为处罚违法，可通过以下方式维权：

• 行政复议：向应急部门的上级机关或同级政府申请复议，期限为60日。
  
• 行政诉讼：向法院起诉，期限为6个月。
  建议：企业应保留处罚决定书、现场证据等材料，并在法定期限内主张权利。

总结建议

1. 核实处罚依据：要求应急部门提供处罚决定书，核对引用法律条款是否现行有效。
   
2. 审查程序合规性：确认是否履行了告知、听证等程序。
   
3. 评估事实与裁量：对比现场证据与处罚决定中的事实描述，核对罚款是否符合裁量基准。
   
4. 及时维权：若发现违法情形，应在法定期限内申请复议或起诉。

如有具体处罚决定书或案情细节，可进一步向我提供，我将结合实际情况为您详细分析。