如果不是综合工时制，上12小时休12小时是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条：“国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。”即使需要加班，一般每日也不得超过1小时，因特殊原因需要加班的，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。因此，上12小时休12小时的工时制度，明显超出了法定工作时间，不符合法律规定。

二、工时制度类型

目前，通用的工时制度主要有三种：标准工时制度、综合计算工时制度、不定时工时制度。

1. 标准工时制度：即每日工作8小时，每周工作不超过44小时。上12小时休12小时的工时制度，显然不属于标准工时制度。
2. 综合计算工时制度：在一定的时间段内（如按月、按季、按年），每天平均工作时间不超过8小时，平均每周不超过40小时。但上12小时休12小时的工时制度，即使按月计算平均工时，也很难满足每天8小时、每周40小时的要求，除非有足够的休息日来补充。
3. 不定时工时制度：主要适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工。上12小时休12小时的工时制度，也不属于不定时工时制度。

三、合法性判断

判断上12小时休12小时的工时制度是否合法，需要从以下几个方面综合考虑：

1. 平均工时是否符合规定：一个月平均下来，是否达到了每天8小时、每周40小时的要求。这里的平均，需要把期间法定节假日去除掉。
2. 是否经过人社部门备案：法律规定，实行8小时标准工时以外的工时制度，都需要向当地人社部门申请，经过批准后才可以实行。如果未经批准，擅自实行上12小时休12小时的工时制度，也是违法的。

四、法律后果与建议

如果公司未经批准，擅自实行上12小时休12小时的工时制度，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉，要求公司改正违法行为，并支付相应的加班费。加班费的具体计算方式如下：

• 工作日安排加班的，应支付150%的工资报酬；
• 休息日安排加班的，应支付200%的工资报酬；
• 法定节假日加班的，应支付300%的工资报酬。

建议：如果您所在的公司实行上12小时休12小时的工时制度，且未经人社部门备案，您可以先与公司协商，要求公司改正违法行为并支付加班费。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。

最后，希望您能够了解自己的权益，并在必要时勇敢站出来维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。