针对“超期未开工、超期未竣工等已供土地违约比例高，自然资源部门应该怎么办”这一问题，核心要点在于探讨自然资源部门在面对土地违约情况时的应对措施。

核心前提：已供土地存在超期未开工、超期未竣工等违约现象，且违约比例较高。

应对措施：

1. 加强监管与执法力度：

   • 自然资源部门应加大对已供土地的监管力度，定期巡查，确保土地使用者按照合同约定的时间和条件进行开发。
   • 对于发现的违约行为，应及时进行执法，包括但不限于发出警告、罚款、收回土地使用权等措施，以维护土地市场的秩序。

2. 完善合同条款与履约管理：

   • 在签订土地出让合同时，应明确约定开工、竣工时间等关键条款，并设定合理的违约责任和赔偿机制。
   • 建立健全履约管理制度，对土地使用者的履约情况进行跟踪和评估，及时发现并处理潜在的违约风险。

3. 推动政策引导与激励：

   • 自然资源部门可以联合相关部门出台政策，对按时开工、竣工的土地使用者给予一定的税收优惠、财政补贴等激励措施。
   • 通过政策引导，鼓励土地使用者提高开发效率，减少违约情况的发生。

4. 加强信息公开与公众监督：

   • 建立健全土地市场信息公开制度，及时公布已供土地的开发情况、违约情况等信息，增强市场透明度。
   • 鼓励公众参与监督，对发现的违约行为进行举报，形成全社会共同参与的土地市场监管氛围。

5. 建立违约预警与处置机制：

   • 自然资源部门应建立违约预警系统，对可能出现的违约情况进行提前预警，并制定相应的处置预案。
   • 一旦发生违约，应迅速启动处置机制，采取有效措施减少损失，并防止违约情况的扩散。

在处理此类问题时，自然资源部门应综合考虑法律、政策、市场等多方面因素，采取综合措施来应对土地违约问题。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。