核心结论：若公司存在挂职但人员已不在岗的情况，需根据挂职性质（如内部调岗挂职、外部交流挂职、虚构挂职等）及公司制度、法律规定，通过内部流程或法律程序取消挂职。以下是具体分析：

1. 确认挂职性质与协议内容

• 内部调岗挂职：若挂职是公司内部调岗安排（如从A部门调至B部门挂职锻炼），需核查公司调岗文件、挂职协议或劳动合同补充条款。若协议明确挂职期限，到期后自动终止；若未到期但人员已离职或长期缺岗，公司可依据内部制度（如《员工手册》）或双方协商解除挂职关系。
• 外部交流挂职：若挂职涉及与外部单位（如政府、关联企业）的人员交流，需核查三方协议（公司、外部单位、个人）中关于挂职终止的条款。通常协议会约定挂职期限、终止条件（如人员离职、考核不合格等），符合条件时可单方或协商终止。
• 虚构挂职：若挂职是虚构的（如为避税、套取福利等目的），可能涉及违法违规行为。公司需立即纠正，并可能面临税务、劳动监察等部门的处罚。此时取消挂职需配合行政调查，甚至承担法律责任。

2. 内部流程取消挂职

• 步骤一：核查制度依据：检查公司章程、员工手册、挂职管理办法等内部文件，确认取消挂职的流程（如是否需董事会/总经理审批、是否需通知工会等）。
• 步骤二：与当事人沟通：若人员仍在公司（如长期缺岗但未离职），需书面通知其返岗或办理挂职终止手续；若已离职，需确认离职手续是否包含挂职终止内容。
• 步骤三：办理终止手续：填写挂职终止申请表，附相关证明（如离职证明、调岗文件等），按内部流程审批后归档。
• 步骤四：更新系统与档案：在HR系统中调整人员岗位信息，更新劳动合同、社保缴纳等记录。

3. 法律程序取消挂职

• 劳动合同变更：若挂职涉及劳动合同内容变更（如工作地点、岗位调整），需与员工协商一致并签订书面协议。若员工拒绝变更且未实际到岗，公司可依据《劳动合同法》第40条（客观情况重大变化）解除合同，但需支付经济补偿。
• 单方解除权：若挂职人员严重违反公司制度（如旷工、虚假挂职），公司可依据《劳动合同法》第39条单方解除合同，无需支付补偿。但需保留证据（如考勤记录、挂职协议等）。
• 外部单位协调：若挂职涉及外部单位，需与对方协商终止合作，并签署终止协议，避免纠纷。

4. 风险提示

• 程序合规性：取消挂职需严格遵守内部制度与法律规定，避免程序瑕疵导致劳动争议（如员工主张违法解除）。
• 证据保留：所有沟通记录、审批文件、协议文本需留存备查，以应对可能的仲裁或诉讼。
• 税务与社保：若挂职涉及异地社保缴纳或个税申报，取消后需及时调整，避免税务风险。

建议：若公司对挂职取消流程不熟悉，可提供具体协议文本或内部制度，我将进一步分析合规性并制定操作方案。