针对您提出的“和村里有合同的养殖地被认定违章，需要什么手续和流程”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

首先，需要明确的是，养殖地被认定违章可能涉及多个方面，包括但不限于土地使用性质、环保要求、建设规划等。若您的养殖地与村里签订了合同，但被相关部门认定为违章，您可能需要按照以下步骤和手续进行处理：

一、了解违章原因

1. 与相关部门沟通：首先，您需要与当地自然资源、农业农村或环保等部门取得联系，了解养殖地被认定违章的具体原因。
2. 查阅相关法律法规：根据部门提供的违章原因，查阅《中华人民共和国畜牧法》、《畜禽规模养殖污染防治条例》等相关法律法规，明确自己的权利和义务。

二、准备相关材料

根据违章原因，您可能需要准备以下材料：

1. 养殖场备案材料：

   • 畜禽养殖场备案表（根据《畜禽养殖场备案管理办法》要求填写）
   • 养殖场所平面图或实景照片
   • 养殖场规模、品种等相关信息

2. 土地使用证明：

   • 与村里签订的合同或协议
   • 土地使用证或相关权属证明（如存在）

3. 环保设施证明：

   • 环保设施建设、运行情况说明
   • 环保部门出具的验收报告或相关证明（如存在）

三、申请复议或整改

1. 申请行政复议：

   • 如果您认为养殖地被认定违章存在错误或不当，可以在收到认定通知之日起六十日内向相关部门申请行政复议。
   • 提交行政复议申请书及相关证据材料。

2. 进行整改：

   • 如果养殖地确实存在违章问题，如环保设施不达标、土地使用性质不符等，您需要按照相关部门的要求进行整改。
   • 整改完成后，向相关部门提交整改报告及相关证明材料。

四、重新备案或申请许可

1. 重新备案：

   • 如果养殖地整改后符合相关要求，您可以按照《畜禽养殖场备案管理办法》的规定，向县级人民政府农业农村主管部门重新提交备案材料。
   • 备案材料齐全且符合要求的，主管部门将发放畜牧兽医生产经营主体代码。

2. 申请相关许可：

   • 如果养殖地涉及其他许可事项，如排污许可证、动物防疫条件合格证等，您需要按照相关规定向相关部门申请许可。

五、持续合规经营

1. 遵守法律法规：

   • 在养殖过程中，严格遵守《中华人民共和国畜牧法》、《畜禽规模养殖污染防治条例》等相关法律法规。
   • 定期对养殖场进行自查，确保环保设施正常运行、土地使用合规等。

2. 接受监督检查：

   • 积极配合相关部门的监督检查工作，如实提供相关信息和材料。
   • 对监督检查中发现的问题及时整改并报告。

实际案例参考

以临澧县桂林养殖场为例，该养殖场因环保设施不合格被生态环境部门处罚。在处理过程中，养殖场需要：

1. 接受生态环境部门的调查取证，并如实提供相关信息和材料。
2. 根据处罚决定书的要求进行整改，如完善环保设施、确保废水达标排放等。
3. 整改完成后向生态环境部门提交整改报告及相关证明材料。
4. 如对处罚决定不服，可以在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时与我联系。