违法经营的食品货值金额不足5000元的，一般并处二千元以上五万元以下罚款；但若存在特定情形（如经营过期食品），则并处五万元以上十万元以下罚款。具体分析如下：

一、一般违法经营情形下的罚款标准

根据《中华人民共和国食品安全法》第八十五条（现第一百二十四条对应条款）的规定，对于违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，由有关主管部门按照各自职责分工，没收违法所得、违法生产经营的食品和用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品，并处二千元以上五万元以下罚款。这一条款适用于一般的违法经营食品行为，包括但不限于使用非食品原料生产食品、在食品中添加非食品添加剂、生产经营营养成分不符合标准的食品等。

二、特定违法经营情形下的罚款标准

对于某些特定的违法经营食品行为，如经营超过保质期的食品，法律设定了更为严厉的罚款标准。根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条第一款第五项的规定，经营超过保质期的食品，货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款。这意味着，即使违法经营的食品货值金额不足5000元，如果属于经营过期食品的情形，也将面临至少五万元的罚款。

三、罚款数额的裁量因素

虽然法律对罚款数额设定了范围，但实际罚款数额并非固定不变。执法机关在决定罚款时，会综合考虑违法行为的性质、情节、后果以及商家的配合态度等因素。例如，如果商家能够主动配合调查、积极整改并消除危害后果，执法机关可能会据此作出相对较轻的处罚。然而，这并不意味着可以免除法律责任，商家仍需承担相应的罚款和其他法律后果。

四、法律建议

1. 严格遵守食品安全法律法规：商家应确保所经营的食品符合相关法规要求，避免销售过期、变质或不符合安全标准的食品。
2. 加强食品安全管理：商家应建立完善的食品安全管理制度，定期对库存食品进行检查和清理，确保销售的食品均为安全、合格产品。
3. 积极配合执法调查：如果面临执法机关的调查和处罚，商家应积极配合并提供相关证据材料，以便执法机关准确认定违法事实并作出公正的处罚决定。
4. 及时咨询专业律师：如果商家对法律条款或处罚决定存在疑问或异议，应及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。

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