三个合伙人都不是公司员工的情况下，内部承包协议在一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

合法性基础

从法律角度来看，内部承包协议本质上是一种合同关系，只要该协议符合合同的基本要件，即双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规的强制性规定等，通常是被认可的。这意味着，即使三个合伙人都不是公司员工，只要他们具备签订合同的民事行为能力，且协议内容是双方真实意思的表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该内部承包协议就是合法的。

协议内容要求

为了确保内部承包协议的合法性，协议内容应当明确各方的权利义务、承包范围、承包期限等重要事项。这些条款的明确有助于避免后续可能出现的纠纷。例如，协议中应明确承包方在承包期间内的经营权限、利润分配方式、风险承担责任等，以及发包方对承包方的监督和管理权限等。

可能的法律风险及防范

1. 主体资格风险：虽然三个合伙人都不是公司员工，但只要他们具备签订合同的民事行为能力，就不会影响协议的合法性。然而，如果其中任何一方不具备民事行为能力，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么协议可能会被认定为无效。因此，在签订协议前，应对各方的主体资格进行审查。
2. 协议内容违法风险：如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么协议也会被认定为无效。因此，在起草协议时，应确保协议内容合法合规。
3. 履行过程中的风险：在协议履行过程中，可能会出现各种不可预见的情况，如市场变化、政策调整等。这些情况可能会对协议的履行产生影响，甚至导致协议无法继续履行。因此，在协议中应约定相应的风险分担机制和争议解决方式。

实际操作建议

1. 明确协议目的和背景：在起草协议前，应明确协议的目的和背景，确保协议内容符合各方的实际需求。
2. 详细约定协议条款：协议中应详细约定各方的权利义务、承包范围、承包期限、利润分配方式、风险承担责任等重要事项。
3. 审查主体资格：在签订协议前，应对各方的主体资格进行审查，确保各方具备签订合同的民事行为能力。
4. 咨询专业律师：虽然我作为丁艾东律师已经为您提供了详细的法律分析，但在实际操作过程中，您可能还需要根据具体情况咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

如果有任何关于公司法务、股权转让、合同违约责任等方面的法律问题，都可以直接向我咨询。