被告在某些情况下可以用合同关系对抗原告基于物权的起诉，但并非绝对，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、物权与合同关系的独立性
物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利，包括所有权、用益物权和担保物权。而合同关系则是基于双方当事人的合意而产生的债权债务关系。在法律上，物权与合同关系具有相对的独立性。原告基于物权起诉，通常是因为其认为自己的物权受到了侵害或存在争议。而被告若主张合同关系，则是基于双方之间存在的合同约定，试图通过合同条款来对抗原告的物权主张。
二、被告可用合同关系对抗的情形
合同约定优先：
- 如果双方之间的合同明确约定了物的归属、使用、收益或处分等事项，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么被告可以依据合同约定来对抗原告基于物权的起诉。
- 例如，在租赁合同中，承租人依据合同约定享有租赁物的使用权，即使出租人（原告）主张物权，承租人（被告）也可以依据合同关系进行抗辩。
合同履行中的抗辩权：
- 在合同履行过程中，如果一方未履行或未完全履行合同义务，另一方有权行使抗辩权。这种抗辩权虽然基于合同关系产生，但在某些情况下也可能间接影响到物权的行使。
- 例如，在买卖合同中，如果买方未支付货款，卖方（原告）虽然对货物享有所有权，但买方（被告）可以依据同时履行抗辩权或先履行抗辩权来拒绝交付货物或要求卖方先履行其义务。
合同解除后的后果：
- 如果合同被解除，那么基于合同产生的权利义务关系也将终止。此时，如果原告基于物权起诉要求被告返还财物或赔偿损失，被告可以依据合同解除的后果来进行抗辩。
- 例如，在委托合同中，如果委托人（原告）解除合同并要求受托人（被告）返还委托处理的财物，但受托人已经按照合同约定完成了委托事务并产生了合理费用，那么受托人可以依据合同解除后的后果来要求委托人支付相应费用或进行补偿。
三、被告不可用合同关系对抗的情形
物权法定原则：
- 物权的种类和内容由法律规定，当事人不得自行创设或变更。如果原告的物权主张符合法律规定，且被告无法提供有效的合同约定来对抗，那么被告不能仅凭合同关系来否定原告的物权。
- 例如，在所有权纠纷中，如果原告能够证明其对某物享有合法的所有权，而被告无法提供有效的合同约定来证明其对该物享有权利，那么被告不能仅凭与原告之间的其他合同关系来对抗原告的所有权主张。
合同无效或被撤销：
- 如果双方之间的合同被认定为无效或被撤销，那么基于该合同产生的权利义务关系也将自始无效。此时，被告不能依据无效或被撤销的合同来对抗原告基于物权的起诉。
- 例如，在因欺诈、胁迫等手段订立的合同中，如果合同被撤销，那么被告不能依据该合同来主张其对某物享有权利或要求原告履行合同义务。
物权保护优先：
- 在物权受到侵害时，物权人享有物权保护请求权，包括返还原物请求权、排除妨害请求权和消除危险请求权等。这些请求权是物权人基于其物权而享有的绝对权利，不受合同关系的限制。
- 例如，在所有权受到侵害时，所有权人可以要求侵害人返还原物或排除妨害，无论侵害人是否与所有权人之间存在合同关系。
四、法律建议
- 审查合同条款：被告应仔细审查与原告之间的合同条款，特别是关于物的归属、使用、收益或处分等事项的约定，以确定是否可以依据合同关系进行抗辩。
- 收集证据：被告应收集并保存与合同关系相关的证据，如合同文本、履行凭证、沟通记录等，以证明自己的主张。
- 咨询专业律师：由于物权与合同关系涉及复杂的法律问题，被告在面临原告基于物权的起诉时，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和有效的法律策略。
如有具体法律问题，可以直接向我咨询。