已经离职三年的员工，一般情况下难以直接起诉其在职期间的利益输送行为，但具体能否起诉需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、诉讼时效角度

1. 一般诉讼时效规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果员工在职期间存在利益输送行为，且该行为在离职时或离职后三年内未被发现或未被主张权利，那么从法律上讲，员工可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

2. 特殊情况下的诉讼时效：

   • 如果利益输送行为涉及刑事犯罪（如职务侵占、挪用资金等），则可能不受三年诉讼时效的限制。在这种情况下，员工或相关方可以向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查和追诉。

二、证据收集与证明难度

1. 证据收集：

   • 起诉利益输送行为需要充分的证据支持。对于已经离职三年的员工来说，收集在职期间的证据可能面临较大困难。证据可能包括财务记录、交易凭证、证人证言等，这些证据在离职后可能难以获取或保存。

2. 证明难度：

   • 即使能够收集到相关证据，证明利益输送行为的存在和具体数额也可能面临较大挑战。这需要专业的法律知识和证据分析能力，以及可能的司法鉴定或审计程序。

三、法律程序与救济途径

1. 民事诉讼途径：

   • 如果员工认为自己在职期间遭受了利益输送行为的损害，且该行为未超过诉讼时效，同时能够收集到充分证据，那么可以考虑通过民事诉讼途径来维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼，要求赔偿损失等。

2. 刑事报案途径：

   • 如果利益输送行为涉嫌刑事犯罪，员工或相关方可以向公安机关报案。公安机关将依法进行侦查，如果查实犯罪行为，将移送检察机关审查起诉，最终由法院进行审判。

3. 其他救济途径：

   • 除了民事诉讼和刑事报案外，员工还可以考虑通过内部举报、向监管部门投诉等方式来维护自己的权益。这些途径可能更加迅速和有效，但具体效果取决于公司内部管理和监管部门的处理效率。

四、建议与注意事项

1. 及时咨询专业律师：

   • 如果你认为自己在职期间遭受了利益输送行为的损害，建议及时咨询专业律师。律师将根据你的具体情况提供法律意见和诉讼策略。

2. 保留相关证据：

   • 无论采取何种救济途径，都需要保留相关证据。这包括财务记录、交易凭证、证人证言等。证据是维护自己权益的关键。

3. 注意诉讼时效：

   • 在决定是否起诉之前，务必注意诉讼时效的问题。如果超过诉讼时效，将可能丧失胜诉权。

4. 考虑实际可行性：

   • 在决定是否起诉之前，还需要考虑实际可行性。这包括证据收集的难度、诉讼成本的高低以及可能面临的法律风险等。

如果有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。