结论：员工离职后发现有侵占公司财务行为，即使超过三年，公司仍然有可能提起诉讼，但具体能否成功需视情况而定，主要取决于诉讼时效的适用及是否存在诉讼时效中断、中止等情形。

分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。这意味着，在一般情况下，如果公司发现员工侵占公司财务的行为后，未在三年内提起诉讼，可能会面临诉讼时效届满的风险。

2. 诉讼时效的起算点：

   • 诉讼时效通常从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于员工侵占公司财务的行为，诉讼时效的起算点可能是公司发现该行为的时间点，或者是公司有合理理由应当发现该行为的时间点。

3. 诉讼时效的中断与中止：

   • 中断：根据《民法典》第一百九十五条，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。如果公司在发现员工侵占行为后，采取了上述措施之一，如向员工提出返还请求、提起诉讼等，则诉讼时效会中断并重新计算。
   • 中止：根据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：（一）不可抗力；（二）无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；（三）继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；（四）权利人被义务人或者其他人控制；（五）其他导致权利人不能行使请求权的障碍。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。如果公司因上述原因无法在诉讼时效期间内提起诉讼，则诉讼时效会中止，并在原因消除后继续计算。

4. 超过诉讼时效的后果：

   • 如果公司未在诉讼时效期间内提起诉讼，且不存在诉讼时效中断、中止等情形，那么一旦诉讼时效届满，公司就丧失了胜诉权。这意味着，即使公司能够证明员工确实侵占了公司财务，法院也可能因为诉讼时效届满而驳回公司的诉讼请求。

建议：

• 及时采取措施：如果公司发现员工侵占公司财务的行为，应尽快采取措施，如向员工提出返还请求、提起诉讼等，以中断诉讼时效并重新计算。
• 收集证据：在采取措施的同时，公司应积极收集证据，证明员工侵占公司财务的事实和金额，以便在诉讼中提供有力的支持。
• 咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和证据收集，公司应咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保护。

特殊情况：

• 如果员工侵占公司财务的行为构成犯罪（如职务侵占罪），则公司可以向公安机关报案，由公安机关依法追究员工的刑事责任。在这种情况下，刑事诉讼的时效问题与民事诉讼的时效问题可能有所不同，且刑事诉讼的追诉时效通常更长。