结论：截流公司货款自用，在立案前主动向单位自首坦白并已退还大部分款项的行为，是否构成贪污罪，需结合具体情节和法律规定综合判断，但自首和退赃情节会对量刑产生重要影响。
一、是否构成贪污罪
贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。针对您描述的情况，我们需要从以下几个方面进行分析：
主体身份：
- 贪污罪的主体是国家工作人员，包括在国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员，以及国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员等。
- 如果截流货款的行为人具备上述身份，则可能构成贪污罪的主体要件。
行为性质：
- 截流公司货款自用，属于利用职务上的便利，非法占有公司财物的行为。
- 如果该行为未经公司同意或授权，且行为人具有非法占有的目的，则可能符合贪污罪的行为要件。
数额与情节：
- 贪污罪的成立还需要考虑数额和情节。根据法律规定，贪污数额较大或者有其他较重情节的，才构成贪污罪。
- 如果截流的货款数额达到法定标准，或者虽然数额未达标准但有其他严重情节（如多次截流、造成严重后果等），则可能构成贪污罪。
二、自首与退赃情节的影响
自首情节：
- 根据《刑法》第六十七条的规定，犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。
- 您在立案前主动向单位自首坦白，符合自首的构成要件，因此可以在量刑时得到从轻或减轻处罚的考虑。
退赃情节：
- 退赃是指犯罪分子在犯罪后，主动退还或上缴其非法所得的财物。
- 退赃情节通常也会作为量刑时的考虑因素，表明犯罪分子有悔罪表现，可以酌情从轻处罚。
- 您已经退还大部分款项，这一情节在量刑时也会得到考虑。
三、法律建议
配合调查：
- 既然您已经自首并退还了大部分款项，建议继续配合相关部门的调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。
寻求专业法律帮助：
- 贪污罪案件涉及复杂的法律问题和证据认定，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
关注案件进展：
- 密切关注案件的进展情况，及时了解自己的权利和义务，以便在必要时采取相应的法律措施。
总结：截流公司货款自用的行为是否构成贪污罪，需结合主体身份、行为性质、数额与情节等因素综合判断。但自首和退赃情节会对量刑产生重要影响。如果您或您身边的人遇到类似问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体的法律建议。