核心结论：在贪污案件中，立案前已退还一半贪污款，涉案金额的认定需结合退赃时间、主观故意及法律条款综合判断，具体分为以下两种情况：

1. 退赃时间在“案发前”且无其他违法情节

根据《刑法》第三百八十三条及司法解释，贪污罪的定罪量刑以“实际非法占有”的金额为准。若在立案前（即案发前）主动退还部分款项，且无伪造证据、串供等妨碍侦查行为，退还部分通常不计入涉案金额。

• 法律依据：最高人民法院、最高人民检察院《关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第十六条明确，行为人退赃、退赔的，可以酌情从宽处理，但不影响涉案金额的认定。
  
• 实务处理：例如，贪污100万元，立案前退还50万元，涉案金额仍按100万元认定，但退还的50万元可作为量刑时的从轻情节（如减少基准刑的30%以下）。

2. 退赃时间在“立案后”或存在其他违法情节

若退赃发生在立案后（如被调查期间），或退赃时存在隐瞒、转移财产等行为，退还部分可能仍被计入涉案金额，但量刑时会考虑退赃情节。

• 法律依据：根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔。立案后退赃属于“被动退赃”，不影响金额认定，但可体现悔罪态度。
  
• 实务处理：例如，贪污100万元，立案后退还50万元，涉案金额仍为100万元，但退还的50万元可能作为“认罪认罚”或“积极退赃”的情节，在量刑时从轻处理（如减少基准刑的20%以下）。

关键提醒

• 主观故意的影响：若退赃是为了掩盖犯罪行为（如退还后继续贪污），可能被认定为“未彻底退赃”，涉案金额仍按全额计算。
  
• 证据固定：退赃时需保留书面凭证（如银行转账记录、收条），避免因证据缺失导致金额认定争议。
  
• 个案差异：具体案件中，检察院可能结合退赃时间、金额比例、犯罪情节等因素综合认定，建议提供详细案情进一步分析。

如有具体案件细节（如退赃时间、金额、是否被调查等），可直接向我咨询，我会结合证据材料为您详细分析。