签了工伤民事委托代理合同后，即使整个工伤流程甲方自己办妥了，该合同仍然有效。以下从不同角度对此问题进行分析：

合同效力角度

1. 合同成立与生效：工伤民事委托代理合同一旦双方签字（或盖章）成立，并符合法律规定的生效要件（如行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或社会公共利益等），即产生法律效力。合同的效力并不因后续甲方自行办理工伤流程而受到影响。

2. 合同内容与目的：委托代理合同的核心是甲方委托乙方（律师或法律服务机构）处理特定事务（如工伤认定、赔偿协商等）。即使甲方最终自行完成了这些事务，也并不意味着合同的目的无法实现或合同本身无效。合同的有效性取决于其成立时的要件是否完备，而非合同履行过程中的具体情况。

合同履行角度

1. 甲方自行办理的影响：甲方自行办理工伤流程，可能视为对委托事项的部分或全部放弃。但这并不改变合同本身的效力。如果合同中有关于甲方自行办理事务的约定（如费用减免、违约责任等），则需按照合同约定处理。

2. 乙方权利与义务：在合同有效期内，乙方仍有权按照合同约定收取代理费用（如果合同中有此约定），并有权对甲方自行办理的事务提出法律意见或建议。同时，如果甲方自行办理的事务导致不良后果，且该后果与乙方的专业服务无关，乙方通常不承担责任。

法律建议

1. 审查合同条款：建议甲方和乙方均仔细审查委托代理合同的条款，特别是关于合同解除、违约责任、费用支付等方面的约定。这有助于明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。

2. 协商处理：如果甲方希望终止合同或调整合同内容，建议与乙方进行友好协商。双方可以就合同解除、费用结算等问题达成一致意见，并签订书面协议以避免后续争议。

3. 法律途径：如果双方无法就合同问题达成一致意见，任何一方均有权通过法律途径解决争议。这包括向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁等。

结论：签了工伤民事委托代理合同后，即使甲方自己办妥了整个工伤流程，该合同仍然有效。双方应仔细审查合同条款，并根据实际情况协商处理合同问题。如有需要，可以通过法律途径解决争议。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。