结论：在单位被偷6000元，3年后是否还能继续查，关键在于案件是否已经立案。若未立案，通常过了五年追诉期就不再追诉；若已立案，则不受追诉时效限制，可以继续追查。
分析：
追诉时效的基本规定：
- 根据刑法规定，法定最高刑不满五年有期徒刑的犯罪，追诉期为五年。盗窃6000元，通常判三年以下有期徒刑，因此从追诉时效的角度来看，过五年不再追诉。
立案对追诉时效的影响：
- 在司法实践中，若公安机关已对案件进行立案侦查，则不受追诉时效的限制。这意味着，即使过了五年，只要案件已经立案，仍然可以对嫌疑人进行刑事追究。
具体到本案例的情况：
- 如果您在单位被偷6000元后，已经向公安机关报案，并且公安机关已经立案侦查，那么无论过了多少年，只要案件未破，公安机关都有权继续追查。
- 如果您未向公安机关报案，或者报案后公安机关未立案，那么从法律上讲，过了五年追诉期后，通常就不再追诉。但需要注意的是，如果存在特殊情况（如嫌疑人再次犯罪、被发现新证据等），仍有可能被追究刑事责任。
建议：
- 如果您已经向公安机关报案并且案件已经立案，那么您可以放心，公安机关会继续追查此案。
- 如果您未报案或者报案后未立案，且已经过了五年，您可以考虑向公安机关咨询案件情况，看是否存在特殊情况可以继续追查。同时，您也可以考虑通过其他途径（如民事诉讼）来维护自己的权益。
法律后果：
- 如果案件已经立案且嫌疑人被找到，嫌疑人将面临刑事责任的追究，可能被判处刑罚。
- 如果案件未立案且过了追诉期，通常不再追诉，但您仍可以通过民事诉讼等方式来寻求赔偿或解决纠纷。
总之，在处理此类问题时，建议您及时向公安机关报案并保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。