双方签订调解协议并不直接等同于案件结案，是否结案需视具体情况而定。以下从不同法律场景和调解协议的性质出发，为您详细分析：
一、调解协议的性质与效力
调解协议是双方当事人就争议事项达成一致意见后签订的书面文件，它表明双方愿意按照协议内容履行各自的义务。然而，调解协议的签订并不直接意味着案件的终结，而是争议解决过程的一个重要环节。其效力取决于是否经过司法或仲裁确认，以及后续履行情况。
二、不同法律场景下的调解与结案关系
民事诉讼中：
- 自行调解：若双方在诉讼外自行达成调解协议，该协议仅具有合同效力。若一方不履行，另一方需通过诉讼等途径要求对方履行协议，此时纠纷并未真正了结。
- 法院调解：在法院主持下达成调解协议，法院会制作调解书。调解书送达并签收后，即具有法律效力，案件至此结案。任何一方不得就同一纠纷再行起诉或仲裁。
刑事诉讼中：
- 自诉案件：自诉人与被告人可以在宣告判决前自行和解或撤回自诉。一旦达成和解且自诉人撤回自诉，法院裁定准许撤诉，案件结案。
- 公诉案件：即使达成和解协议，案件也不直接结案。公安机关、人民检察院和人民法院会根据和解情况提出从宽处理或处罚的建议，最终处理结果由司法机关决定。
行政诉讼中：
- 行政诉讼一般不适用调解，但在行政赔偿、补偿及行政机关行使自由裁量权的案件中可以调解。达成调解协议并经法院确认制作调解书后，案件即告结案。
三、调解协议生效后的后续手续
调解协议生效后，一般需履行以下手续以确保其得到切实履行：
- 自觉履行：双方应按照协议约定自觉履行各自义务。这是调解协议得以有效执行的基础。
- 司法确认：部分调解协议可经司法确认程序。若一方不履行，另一方可持司法确认裁定书申请强制执行。经法院依法审查调解协议，符合规定的，裁定调解协议有效。此后，若一方拒绝履行或未全部履行，对方有权向法院申请强制执行。
- 保留证据：在履行过程中，双方还应注意保留相关履行证据，如付款凭证、交付记录等，以备后续可能出现的争议时作为证明。
四、调解协议可能面临的后续问题
即使调解协议已经签字生效，也可能面临一些后续问题：
- 申请再审：如果一方当事人认为调解书的内容存在错误或不公平，可能可以在一定期限内申请再审。但通常需要有法定的理由和证据支持，如调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律规定。
- 新争议产生：在协议履行过程中，也可能出现新的争议或问题，需要双方进一步协商或通过法律途径解决。
建议：在签订调解协议时，务必确保协议内容明确、具体，并充分考虑后续履行可能面临的问题。如有必要，可寻求专业律师的帮助，以确保调解协议的有效性和可执行性。若您在调解协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。