结论前置：

1. 法院会分主次责任，指使者通常会被认定为“主犯”，实际虚开发票者可能被认定为“从犯”，但具体责任划分需结合证据和案件细节。
   
2. 若对方不认指使关系，需通过证据链证明指使行为的存在，否则可能仅追究实际虚开者的责任。
   

详细分析：

1. 法院会区分主次责任，指使者通常承担主要责任

根据《刑法》第205条（虚开发票罪）及相关司法解释，虚开发票行为涉及“指使”与“实施”两个环节时，法院会结合行为人的作用、地位划分主从犯：

• 指使者：若能证明其主动策划、组织或强令他人虚开发票，通常会被认定为“主犯”，承担更重的刑事责任（如更长的刑期、更高的罚金）。
  
• 实际虚开者：若仅按指使执行，未从中获利或未参与策划，可能被认定为“从犯”，依法可从轻、减轻处罚。
  

法律依据：

• 《刑法》第26条（主犯）：组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的，或者共同犯罪中起主要作用的，是主犯。
  
• 《刑法》第27条（从犯）：在共同犯罪中起次要或辅助作用的，是从犯，应当从轻、减轻处罚或免除处罚。
  

2. 对方不认指使关系时，责任划分的关键是证据

若指使者否认指使行为，法院需通过证据链认定是否存在指使关系。常见证据包括：

• 直接证据：如聊天记录、录音、书面指令等，证明指使者明确要求虚开发票。
  
• 间接证据：如资金流向（指使者支付开票费用）、利益分配（指使者获利）、行为模式（指使者多次指使他人虚开）等，形成完整证据链。
  

若证据不足：

• 法院可能无法认定指使关系，仅追究实际虚开者的责任。
  
• 指使者若无法证明自己未参与，可能被推定为共同犯罪中的主犯。
  

3. 实务中的责任划分倾向

• 指使者责任更重：司法实践中，指使行为往往被视为犯罪的“源头”，法院会重点打击。
  
• 实际虚开者可能减轻处罚：若能证明自己是被胁迫、欺骗或仅起辅助作用，可能争取从犯认定。
  

建议：

1. 收集证据：尽快固定指使关系的证据（如沟通记录、资金往来等），避免对方销毁。
   
2. 主动配合调查：若已被立案，如实说明情况，争取从宽处理。
   
3. 咨询专业律师：案件细节可能影响责任划分，需结合具体证据分析。
   

如有进一步问题，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供更具体的法律意见。