格式条款无效并不必然影响其中管辖约定的效力，但需满足特定条件。以下从法律依据、有效性判断标准、无效情形及实践建议四个方面为您详细分析：

一、法律依据

1. 《民法典》第四百九十六条
   格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。提供格式条款的一方需遵循公平原则，并采取合理方式提示对方注意重大利害关系条款（如管辖协议），否则对方可主张该条款不成为合同内容。

2. 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三十一条
   经营者使用格式条款与消费者订立管辖协议，若未采取合理方式提请消费者注意，消费者主张管辖协议无效的，人民法院应予支持。

二、有效性判断标准

1. 提示和说明义务
   提供格式条款的一方需以显著方式（如加粗、变色、弹窗提醒）提示相对方注意管辖协议条款，并应相对方要求解释说明。若未履行此义务，相对方可主张管辖协议不成立或不生效。
   示例：网络购物平台在冗长的用户协议中隐藏管辖条款，且未通过弹窗等方式提醒用户，该条款可能因未尽提示义务而被认定无效。

2. 非排除法定管辖
   管辖协议不得违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，涉及不动产纠纷的案件，应由不动产所在地法院专属管辖，格式条款中约定其他法院管辖的无效。

3. 不存在显失公平或欺诈
   协议内容需符合公平原则。若存在明显加重一方责任、限制权利或免除己方责任的条款（如约定“所有争议均由本公司注册地法院管辖”，但注册地偏远导致维权成本畸高），可能被认定为无效。

4. 不违反法律强制性规定
   协议条款不得违背法律法规的效力性强制性规定，否则自始无效。

三、无效情形

1. 未履行提示说明义务
   如前述网络购物平台案例，若未通过显著方式提示管辖条款，消费者可主张无效。

2. 违反专属管辖规定
   在建设工程施工合同纠纷中，若格式条款约定由非工程所在地法院管辖，将因违反专属管辖规则而无效。

3. 显失公平的条款
   例如某公司格式合同中约定“所有争议均由本公司注册地法院管辖”，但注册地偏远导致消费者维权成本过高，此类条款可能被法院认定无效。

四、实践建议

1. 证据留存
   主张管辖协议无效的一方需提供证据证明对方未履行提示说明义务，如合同条款未突出显示、无签字确认记录等。

2. 合同审查要点

   • 检查管辖协议是否以显著方式提示（如加粗、单独列明）；
     
   • 确认协议是否违反专属管辖或级别管辖；
     
   • 评估协议是否显失公平（如维权成本是否合理）。

3. 争议解决策略
   若认为管辖协议无效，可在答辩或反诉中提出管辖权异议，并附上相关证据（如合同文本、提示义务未履行的证明）。

总结：格式条款中的管辖约定是否有效，需结合提示义务履行情况、是否违反法定管辖、是否显失公平等因素综合判断。若您遇到具体纠纷，建议提供合同文本及相关证据，以便进一步分析。