在反不正当竞争案件中，违法所得通常会被没收。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定，经营者违反本法规定，从事不正当竞争行为，给被侵害的经营者造成损害的，应当承担损害赔偿责任，并依法承担行政责任。其中，行政责任就包括了对违法所得的没收。具体来说，如果经营者的不正当竞争行为被认定为违法，且因此获得了违法所得，那么这部分所得通常会被执法机关没收。
二、没收违法所得的实践
没收违法所得的适用情形：
- 当经营者通过虚假宣传、商业贿赂、侵犯商业秘密等不正当竞争手段获取利益时，若这些行为被认定为违法，且因此产生了违法所得，那么这部分所得将被没收。
- 没收违法所得不仅是对违法行为的惩罚，也是对市场秩序的维护，旨在防止不正当竞争行为对市场造成进一步的损害。
没收违法所得的程序：
- 执法机关在查处不正当竞争行为时，会依法进行调查取证，确认违法事实和违法所得的数额。
- 在确认违法所得后，执法机关会作出没收违法所得的行政处罚决定，并依法执行。
三、可能存在的例外情况
虽然一般情况下反不正当竞争案件中的违法所得会被没收，但也存在一些例外情况。例如：
- 违法所得难以计算：在某些情况下，由于违法行为的隐蔽性或复杂性，违法所得的数额可能难以准确计算。此时，执法机关可能会根据具体情况作出相应的处理，如根据违法行为的情节轻重进行罚款等。
- 法律另有规定：如果其他法律或法规对不正当竞争行为的处罚另有规定，且这些规定与《反不正当竞争法》不相冲突，那么可能会按照其他法律或法规的规定进行处理。
四、法律建议
- 遵守法律法规：经营者应严格遵守《反不正当竞争法》等相关法律法规，避免从事不正当竞争行为，以免面临法律制裁。
- 积极配合调查：如果经营者被卷入反不正当竞争案件中，应积极配合执法机关的调查工作，如实提供相关证据和信息，以便执法机关准确认定违法事实和违法所得的数额。
- 寻求法律帮助：如果经营者对反不正当竞争案件的处理结果有异议或需要法律帮助，可以及时向我这样的专业律师咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，反不正当竞争案件中的违法所得通常会被没收。经营者应严格遵守相关法律法规，避免从事不正当竞争行为，并在必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果您有任何关于反不正当竞争或其他公司法务方面的法律问题，都可以直接向我咨询。