在商标侵权案件中，违法所得通常会被没收，并且这一处理措施是法律明确规定的。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，对于商标侵权行为，工商行政管理部门（现市场监督管理部门）在认定侵权行为成立后，会责令立即停止侵权行为，并采取一系列处罚措施，其中包括没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，同时没收违法所得。这一规定明确了在商标侵权案件中，违法所得是需要被没收的。

二、违法所得的定义与计算

1. 定义：违法所得是指侵权人因侵权行为所获得的全部收入，在扣除直接用于经营活动的适当合理支出后剩余的数额。
2. 计算方式：违法所得的计算需考虑侵权人的实际获利情况，包括已售出商品或服务的收入等。在具体案件中，法院或市场监督管理部门会根据侵权行为的性质、情节以及侵权人的主观过错程度等因素，综合确定违法所得的数额。

三、没收违法所得的处理流程

1. 执行没收：市场监督管理部门在认定商标侵权行为成立后，会依法作出没收违法所得的行政处罚决定。当事人需在规定期限内将违法所得上缴至指定账户或地点。
2. 上缴国库：没收的违法所得通过特定的财政缴款渠道全额上缴国库，作为国家的财政收入。这一过程受到财政、审计等部门的严格监督，以防止截留、挪用等违规行为。
3. 后续监督与审计：财政部门、审计机关等对没收违法所得的上缴情况进行定期或不定期的监督检查，确保资金的合规处理。

四、特殊情况下的处理

虽然违法所得通常会被没收并上缴国库，但在某些特殊情况下，如果侵权行为给被侵权人造成了损失，且侵权人有能力赔偿，没收的违法所得可能会在一定程度上用于对被侵权人的赔偿。然而，这需依据具体的法律程序和判决来确定，并非所有情况下都会如此处理。

五、实际案例说明

以某公司商标侵权案为例，若该公司被市场监督管理部门认定存在商标侵权行为，且违法所得为一定数额（如50万元），则市场监督管理部门会作出没收该50万元违法所得的处罚决定。该公司需按照要求将50万元上缴至指定账户，随后市场监督管理部门会将该款项全额上缴国库。

总结与建议：

在商标侵权案件中，违法所得是需要被没收的，这是法律明确规定的处罚措施之一。对于侵权人而言，除了面临违法所得的没收外，还可能面临罚款、赔偿损失等其他法律责任。因此，建议企业或个人在使用商标时务必严格遵守相关法律法规，尊重他人的注册商标专用权，以避免不必要的法律风险和经济损失。如果您在商标权领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。